Pozorovací sít jakosti podzemních vod funguje jako podmnožina objektu státní pozorovací síte podzemních vod, ve které se režimove sledují hladiny a teploty podzemních vod od první poloviny 60. let. Státní monitorovací sít jakosti podzemních vod obsahuje tri typy pozorovacích objektu: prameny, melké vrty a hluboké vrty. Sledování pramenu je plošne rozmísteno po celém území CR ve vetšine geologických struktur. V oblasti krystalinika jsou to jediné pozorovací objekty podzemních vod. Melké vrty sledují podzemní vody kvartéru porícních zón. Hluboké vrty sledují podzemní vody ve významných hydrogeologických strukturách s hlubším obehem (sedimentární horniny svrchní krídy Ceské krídové pánve, terciéru, krídy jihoceských pánví a neogénu Karpatské soustavy).
Následující tabulka uvádí nejvýznamejší hydrogeologické rajóny sledované hlubokými vrty:
| Rajon |
Název |
| 214 |
Trebonská pánev jih |
| 215 |
Trebonská pánev sever |
| 216 |
Budejovická pánev |
| 222 |
Hornomoravský úval |
| 224 |
Dyjskosvratecký úval |
| 225 |
Dolnomoravský úval |
| 411 |
Polická pánev |
| 423 |
Ústecká synklinála |
| 426 |
Kyšperská synklinála |
| 427 |
Vysokomýtská synklinála |
| 44x |
Jizerská krída |
| 45x |
Krída Ohre a stredního Labe po Litomerice |
| 46x |
Krída dolního Labe |
Monitoring jakosti podzemních vod byl postupne zaváden od roku 1984. V tomto roce zacalo pravidelné monitorování pramenu (138 pramenu), v roce 1986 zacalo pravidelné monitorování melkých vrtu (121 vrtu) a v roce 1991 sledování hlubokých vrtu (192 vrtu). V