Første gang kirken nevnes er i Poul Hitfeldts stiftsbok fra
1575. Siden den nevnes så få år etter reformasjonen i 1536, må vi
vel regne med at det har stått kirke der også i katolsk tid.
Neste gang vi hører om kirken er i biskop Jens Nilssøns
visitasberetninger fra 1594. Der står det bl.a. at biskopen den 12.
september på vei fra Fluberg kom til "Segals kircke annex til
Byrj, liggendes på den venstre hånd I fiering fra Nøs." Et
annet sted i beretningen lyder det slik: "Til Byrj er ikke uden
en annex heder Segal kircke udi Snertinsdalen der gjøres tieneste
huer tredie søndag, ligger to store mil fra hoffuitkircken".
Skal vi dømme etter kirkeregnskapenes opplysninger, har den kirken
som Jens Nilssøn så i 1594, vært en stavkirke eller en
reisverksbygning. Omkring år 1700, under Fredrik IV, ble Seegård
kirke kjøp av biskop Deichmann, men han solgte den igjen i følge
tinglyst skjøte av 14. september 1723 "til samtlige
Snertingdalens almue."
Sogneprest Domenicus Nagel i Biri sier om kirken i en
innberetning av 15. august 1731 til biskop Hersleb: "passabel
dog lidet til den almue som søker den." Situasjonen må
etterhvert ha blitt uholdbar, for like etter at Biri kirke ble
bygget i 1777, oppførte befolkningen et nytt gudshus for bygda
si.
Årstallet i tårnfløyen viser 1781, men innvielsen fant først
sted i 1782. Det var hardt uår i 1781, og dette kan ha forsinket
byggearbeidene. Det ble brukt samme byggmester ved Seegård som ved
Biri kirke, og bygdeboka sier at også de samme bygningsmenn ble
benyttet. Byggmesteren het Amund Nielsen Gloppe og var født i 1737.
Han kom til Biri fra Fåberg i 1770-årene, og bodde på Gloppe, et
bruk under prestegården. Amund var respektert og høyt ansett. Han
var håndverker av beste merke "med øye for snittet" og
"med snerten i øksa".
Inventaret til Seegård kirke rommer mange minner om lange
tradisjoner da kirken i bygda har vært som en mor for folket. Den
eldste klokken i tårnet er fra 1749. Alterstakene kan vi følge i
inventarlistene tilbake til 1628, og døpefatet av messing nevnes
første gang i 1675. Den gamle prestestolen i sakristiet er også
svært gammel.
27. mars 1994 brant den gamle kirken ned. I 1997, etter 3 års
bygging sto dagens kirke ferdig.