Bereits 1604 gab es Pläne, auch in Rosenheim ein Kapuziner-Kloster zu gründen. Vor Ort wurde dieses Vorhaben vom Weinhändler Martin Papin vorangetrieben. 1606 erfolgte dann die Grundsteinlegung an der Stelle der späteren Saline (heute Stadthalle). 200 Jahre lang konnten die Kapuziner in Rosenheim wirken, bis zur Säkularisation. Im Oktober 1803 wurden die Kapuziner aus Rosenheim ausgewiesen, der Klosterbesitz verkauft und das Gebäude abgerissen.
Erst 1853, unter König Ludwig I. wurde das Kloster wieder errichtet. Als Bauplatz wurde der Grund der Sebastianskapelle gewählt.
Bereits 1880 erwies sich das Kirchengebäude als zu klein und ein Erweiterungsbau wurde notwendig. Dieser wurde 1889 geweiht.
