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A ermida e o seu antigo recolhimento foram fundados no principio do século XVII, pertencendo ambos ao licenciado António de Frias e a sua mulher, padroeiros dos Conventos de Santo André e de São João, em Ponta Delgada. Ali estivaram hospedados, durante alguns anos, vários frades agostinhos, entre eles Frei Brás Soares, enquanto durou a construção do Convento da Graça.
Segundo parece, a ermida é anterior ao recolhimento, porque só depois de os agostinhos saírem da ermida e da casa anexa à mesma, é que o licenciado Frias resolveu fundar o recolhimento para abrigo de parentes pobres. O regulamento deste, escrito pelo fundador, é de 10 de Agosto de 1624 e, pelo seu testamento de 21 de Novembro desse ano, vincula à instituição parte dos seus rendimentos.
Nos fins do século XVII, a ermida encontrava-se decaída e necessitada de alfaias, segundo se depreende das visitas que lhe foram feitas, No primeiro quartel do século seguinte, porque a paróquia de São Sebastião estava com numerosa população, pensou-se em desmembrar o serviço paroquial respectivo, com a criação de um curato em Santa Ana que nunca, chegou a verificar-se.
No decurso dos séculos XVIII e XIX, os bens desta instituição foram diminuindo mercê de factores vários, que seria fastidioso enumerar, acabando o recolhimento por arruinar-se, e a ermida por vir a pertencer à paróquia, não obstante algumas dádivas que ainda na vigência da última centúria foram recebidas.
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