Mentre Jujol estava estudiant, es movia dins del cercle format entorn d'Antoni Maria Gallisà i Soqué, catedràtic d'Arquitectura, amb qui va col·laborar fent alguns petits projectes, com esgrafiats, disseny de baranes, portes, mobles… tot allò que era motiu decoratiu. Jujol va quedar molt marcat per aquestes col·laboracions fins al punt de considerar a Gallissà com el seu autèntic mestre.
Però amb la prematura mort de Gallissà el 1903, entrà a treballar a l'estudi de l'arquitecte Josep Font i Gumà entre 1903 i 1906 amb qui col·laborà en les reformes del Palau Savassona, futura seu de l'Ateneu Barcelonés. Cap al 1905, encara abans d'acabar els estudis, participà en obres d'Antoni Gaudí amb qui va col·laborar a La Pedrera, la casa Batlló, el Parc Güell entre altres obres.
Després de fer de professor interí, el 1910 va guanyar unes oposicions de professor a l'Escola d'Arquitectura de Barcelona i posteriorment la plaça de catedràtic. A més de les seves activitats com arquitecte, també va desenvolupar una interessant activitat com dibuixant i com escultor en fang, activitat de la qual va estar professor a l'Escol adel Treball de Barcelona el 1924. El 1926 és nomenat arquitecte municipal de Sant Joan Despi (Baix Llobregat), càrrec que va exercir fins al 1949. La seva relació amb Sant Joan Despi era anterior, on el 1913 la seva tia Josefa Romeu i Grau vídua de Gibert li va encarregar una de les obres més destacades i originals, la Torre de la Creu, que li serviria com a carta de presentació dins la societat del municipi i que aviat li suposaria altre important encàrrec, la remodelació de la masia de Can Negre, els propietaris de la qual tenia una gran amistat amb la seva tia. A partir de l'activitat a Sant Joan Despí, Jujol va desenvolupar activitats en altres municipis de la comarca com Sant Feliu de Llobregat o Molins de Rei amb obres menors i poc documentades.
Tot i la influència dels arquitectes amb qui va treballar, especialment de Gaudí, va ser creador d'una obra arquitectònica innovadora. Són característiques de la seva producció la gran sensibilitat per les formes de la natura, l'interès pel detall artesanal i la reutilització creativa de materials vells o de rebuig. La seva obra expressa el seu afecte pel paisatge rural del Camp de Tarragona i la seva profunda religiositat.
La seva forma de col·laborar amb Gallissà primer, i amb Gaudí més tard, formalitza una activitat complementària a l'obra de l'arquitecte, una labor de «completador» de les obres que ve a afegir-li alguna cosa. De forma similar actua quan reforma can Negre a Sant Joan Despi i la casa Bofarull en Els Pallaresos, projectes de remodelació i reforma que aborda de forma particular, fent-los servir com a laboratoris on experimentar solucions i aplicacions diverses. És per això que hi dedica força anys a aquestes edificacions i que compten amb una generosa llibertat creativa. A cadascuna de les obres de Jujol es troba l'esperit renovador de la seva arquitectura que transforma l'espai i la matèria per a crear un món màgic, on barreja un traç innovador amb elements inhabituals, creant una metàfora visual. D'alguna forma, va avançar-se a moviments avantguardistes que li donen vigència i modernitat.
Jujol ha estat un personatge singular i la seva imaginació ha traspassat fronteres, fins al punt de ser un arquitecte amb càtedra dedicada a la Universitat de Tòquio o tenir entre els seus admiradors a l'actor nord-americà John Malkovich, que en diverses ocasions ha visitat les seves obres, i que el 20 de maig de 2010 va pronunciar una conferència sobre Jujol dins dels actes del centennari del teatre Metropol en col·laboració amb la Universitat Rovira i Virgili.