La prima attestazione di questa località è forse del 1139.
Di certo sappiamo che nel 1145 papa Eugenio III concesse al monastero imolese di Santa Maria in Regola metà dei diritti sul castello di Prugno e sul territorio da esso dipendente.
Due mesi più tardi, il 21 febbraio 1146, lo stesso Eugenio III rettifica la concessione.
Oltre che come castello, Prugno viene ricordato nei documenti come centro abitato e come distretto rurale. Nel 1256 abbiamo la prima attestazione della Chiesa di Prugno, intitolata a S. Margherita. Dipendente dalla Pieve di Tossignano fu poi data in feudo a Ludovico Alidosi dall'antipapa Giovanni XXIII.
Fino al 1959 sorgeva qui anche la Rocca di Prugno. Fu in seguito demolita per evitare che franasse con il pericolo di investire la chiesa contigua.
Della Rocca esiste un plastico al Museo Vaticano.
Davanti alla chiesetta un piccolo gioiello, un presepe in murautura di 50 mq.circa, allestito all'aperto attorno ad uno dei vecchi alberi, ideato da Don Marcello Zini.
In ogni casina , curata sia all'esterno che all'interno , in ogni minimo dettaglio viene rappresentato un mestiere : il fornaio, il fabbro, il pasticcere....
Per quanto riguarda il cache, non accanitevi per togliere il coperchio: si svita!