La commune de Préfontaines se trouve dans le quadrant nord-est du département du Loiret, dans la région agricole du Gâtinais riche. À vol d'oiseau, elle se situe à 62,6 km d'Orléans, préfecture du département, à 12,9 km de Montargis, sous-préfecture, et à 7,6 km de Ferrières-en-Gâtinais, ancien chef-lieu du canton dont dépendait la commune avant mars 2015. La commune fait partie du bassin de vie de Ferrières-en-Gâtinais. Les communes les plus proches sont : Treilles-en-Gâtinais (4,2 km), Château-Landon (4,6 km, en Seine-et-Marne), Nargis (4,8 km), Courtempierre (5,5 km), Girolles (5,6 km), Fontenay-sur-Loing (6,1 km), Chenou (6,8 km, en Seine-et-Marne), Dordives (7 km), Sceaux-du-Gâtinais (7 km) et Gondreville (7,1 km) .
Cette cache fait partie de la série des 334 Communes du Loiret (CDL)