Der Eisengehalt (Gesamteisen) in Böden liegt in der Regel im Bereich zwischen 0,5 und 5%. Die wichtigsten Formen, in denen Eisen im Boden vorkommt, sind Goethit (FeOOH), Haematit (Fe2O3) und Eisenhydroxid (Fe [OH]3). Eisen wurde vermutlich vor ca. 30 Mio. Jahren im Tertiär auf dem Grund des Meeres abgelagert. Eine physikalische Ausfällung des Eisens setzte ausgewaschene Partikel frei, die durch die Hebung des Salzstocks und mithilfe des Grundwassers bis nahe an die Oberfläche transportiert wurden.
Hierbei sind zwei Voraussetzungen eingetreten, die dafür sorgen, dass hier nun ein Eisensee entstanden ist:
1) Neben dem Tertiär, in dem Eisen abgelagert wurde, spielt der Boden hier auch eine entscheidene Rolle. Norddeutschland ist geprägt von Marsch und Geest, die von sich aus schon sehr eisenhaltig sind und somit einen Teil dazu beigetragen haben, dass Eisen an die Oberfläche kommt. Ein weiterer Treiber für ein erhöhten Anteil von Eisen im Wasser sind zudem Moore, mit ihren organischen Substanzen. Das Liether Moor grenzt hier fast an die Kalkgrube an und sorgt unterirdisch dafür, dass immer genug Wasser mit erhöhtem Eisengehalt zufließen kann.
2) Durch die Tiefe der Grube und der damit verbundenen Tiefe unter dem Meeresniveau und dicht am Grundwasser, wird das eisenhaltige Wasser aus dem Boden gedrückt.
Im Grundwasser liegt die Eisenkonzentration zwischen 0,01 und 100 mg Fe/l. Meist sind die Grundwässer arm an organischen Stoffen, fast sauerstofffrei mit pH-Werten unter 7,5. Dann liegt das Eisen gelöst als Eisen(II) vor.
In Oberflächengewässern muss man unterscheiden zwischen der Wasserphase und dem Sediment. Im Wasser kann man Eisenkonzentrationen zwischen 0,1 und 10 mg/l finden. Die Hintergrundbelastung liegt bei 0,5 bis 1,0 mg Fe/l. In oberirdischen Gewässern ist das Eisen im Wasser natürlicherweise kaum gelöst. Es liegt in Form von organischen Eisenkomplexen und feindispersen (fein zerstreuten) Eisenoxiden vor. In den Sedimenten sind ähnlich wie im Boden höhere Eisengehalte anzutreffen.
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