Pekelský potok pramení západně od obce Lošany. Mezi Lošany a Lošánkami je rybník, kterým protéká tento potok.
Severně od obce Kbel k Pekelskému potoku vede naučná stezka Na toulkách kolem Kolína.
Na svém toku pokračuje dolní částí obce Zibohlavy.
Od Zibohlav do Štítar údolím vede naučná stezka Štítarským údolím.
Nad Pekelským údolím ve Štítarech je nejdelší most na silničním obchvatu Kolína o délce 412,8 m.
Dále Pekelský potok vtéká do největšího rybníka na svém toku jak jinak – Pekelského rybníka.
Rybník Peklo je jediný kolínský rybník. který včetně sádek vznikl za působení Státního statku v letech 1950–53 a to rozšířením malého rybníčku, ležícím na mlýnském náhonu. Potok a rybník se jmenují podle mlýna, který zde byl postaven v roce 1327 a byl nazýván "Pekelský mlýn“„ neboli také Dolní mlýn.
Pekelský potok pak protéká pěkným údolím okolo skalek a zahrádek na západním okraji města, podtéká silnici z Kolína na Prahu.
Pokračuje podél západní hranice průmyslového areálu Lučební závody a.s. Kolín, podtéká železniční trať Praha – Česká Třebová.
Západně od Kolína se Pekelský potok vtéká z levé strany do Labe, je to na 918,2 km od ústí Labe do Severního moře.
Ústí Pekelského potoka
Labe směrem ke Kolínu
Labe směrem ke Klavarům