Det har vært kirke på Dypvåg i nær sagt uminnelige tider. Det nordre koret i kirken ble bygget en gang mellom 1150 og 1250, i middelalderen. Kirken har 800-årsjubileum i 2012.
I 1885 ble den rike dekoren overmalt. I 1921 ble kirken restaurert og brakt tilbake til sin fordums glans. 
Korskillet og altertavlen er laget av Ole Nielsen Weierholt.
Til forskjell fra de fleste andre kirker, er Dypvåg kirkes inngang vendt mot nord, mens alteret står i sydveggen.
