Die Schwarzauer Kirche wird sehr wahrscheinlich schon vor dem Jahre 1058 vorhanden gewesen sein. In diesem Jahr schenkte Kaiser Heinrich IV. dem damals gewaltigen Pfalzgrafen Cuno an dem Schwarzaflusse zehn Behausungen, sechs Behausungen am rechten Ufer des Scharzaflusses, das sogenannte Kleinschwarzau, wo sich auch die Kirche befindet und vier Behausungen am linken Schwarzaufer, das sogenannte Neudegg.
Die Pfarre Schwarzau war ursprünglich sehr unbedeutend und bestand bloß in dem sogenannten Kleinschwarzau, wo sich Kirche und Pfarrhof befindet, und in Neudegg. Der größere Teil des Ortes oder das sogenannte Großschwarzau gehörte früher mit dem Dorf Breitenau zur Pfarre Lanzenkirchen, das sogenannte Linsern bei Breitenau aber zur Pfarre Neunkirchen und Guntrams zur Pfarre Pitten.
Der eigentliche Bau der Kirche wurde im Jahre 1865 nach Ostern begonnen. Die Bau-Ausführung oblag dem Wiener Baumeister Johann Friedel, dem zwei besondere Wohltäter der Kirche, die Fabrikanten-Gebrüder Lang aus Wien, mit Rat und Tat zur Seite standen. Die gesamte Kirche wurde bei diesem Bau gewendet, wo jetzt der Eingang der Kirche ist, war zuvor der Hochaltar und wo jetzt der Hochaltar ist war früher der Eingang. Der Zahl der Arbeiter, die an der Kirche arbeiteten, vermehrte sich bis auf 134, die Einweihung erfolgte am 29. Oktober 1865.
Die Pfarrkirche ist dem heiligen Johannes dem Täufer geweiht. Im Jahr 1780 wurde für die damalige Pfarrkirche das Gnadenbild "Maria vom guten Rat" geschenkt und „am Hochaltar zur Verehrung aufgestellt“. Am 1. August 1959 übernahm der ehemalige Kaplan Franz Berger die Pfarre Schwarzau und leitete sie 30 Jahre lang. Ein Erdbeben der Stärke Sieben lässt am 16. April 1972 beide Trumkreuze von der Kirche fallen und verursacht Schäden, die eine vollständige Innen- und Außenrenovierung notwendig machen. Die Arbeiten wurden schließlich im Jahr 1975 beendet. Mit 1. September 1990 trat Pfarrer Berger aus gesundheitlichen Gründen seinen Ruhestand an. Die Kalasantiner übernehmen daraufhin auf Bitte der Diözese die Pfarre.
Heute gehört die Pfarre Schwarzau mit ihren Filial-Kirchen Breitenau und Guntrams zusammen mit den Pfarren Bad Erlach, Hochwolkersdorf, Katzelsdorf a.d. Leitha, Lanzenkirchen, Schwarzenbach und Walpersbach zum Dekanat Lanzenkirchen.
In Schwarzau am Steinfeld besteht seit 1991 ein Missionszentrum der Kalasantiner (P. Schwartz-Missionszentrum), seit damals führen die Ordensleute auch die Pfarren Schwarzau am Steinfeld und Breitenau. Vom Pater-Schwartz-Missionszentrum in Schwarzau aus versuchen Kalasantiner und Schwestern der Jüngersuche, durch Missionseinsätze im südlichen Niederösterreich Menschen zum lebendigen Glauben zu führen.
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