Fondée au XIe siècle, l'abbaye de Lessay est une des plus anciennes de Normandie, mais cependant édifiée après les abbayes de Cerisy-la-Forêt et du Mont-Saint-Michel. Les fondateurs, barons de la puissante seigneurie voisine de La Haye-du-Puits, Turstin Haldup, et son fils Eudes, avaient installé sur un terrain marécageux de la rive Sud de l'Ay, au fond du havre, des moines de la grande abbaye du Bec-Hellouin adeptes de la règle bénédictine qui, moins sévère que les règles plus anciennes, s'était imposée massivement en Normandie après les invasions normandes.
L'abbaye de Lessay connut sa plus grande splendeur et sa plus grande richesse durant les deux siècles suivants. Achevée pour une grande partie avant la fin du XIe siècle, elle avait été à sa fondation, en 1056, et dans les années qui suivirent, très richement dotée par les seigneurs les plus en vue de la contrée.
Pendant la guerre de Cent Ans, le 11 juin 1356, l’abbaye qui comptait quinze moines, est dévastée par les Anglo-Navarrais : voûtes, nef et tour lanterne sont détruites ainsi que le dortoir et le réfectoire. En 1385, Dom Pierre Leroy, futur abbé du Mont-Saint-Michel, décide de la reconstruction à l’identique qui sera achevée en 1420 sous Guillaume de Guéhébert.
Les moines bénédictins de la Congrégation de Saint-Maur engagent en 1707 la réforme de l’abbaye et confient à l’architecte Jacques de Cussy la réfection du clocher qui devient un clocher à bulbe, et la reconstruction des bâtiments conventuels en 1752.
À la Révolution, l’abbaye est mise à la disposition de la Nation et les neuf moines présents en 1789 abandonnent la vie monacale.
En 1791, l’église abbatiale devient église paroissiale sur décision de l’Assemblée constituante ce qui la sauve de la démolition. Les bâtiments conventuels sont vendus comme biens nationaux.
Mais c'est en 1944, lors des combats de la Libération que la belle abbaye romane subit la plus cruelle épreuve. Déjà durement éprouvée durant les bombardements américains de Lessay des 7 et 8 juin, elle s'écroule le 11 juillet, minée par les Allemands avant leur retraite. Ce qui provoque l’écroulement des voûtes et des dégâts considérables notamment sur le bas-côté nord.
À partir de 1945 l’église abbatiale et les anciens bâtiments conventuels font l’objet d’une restauration remarquable. En 1958 l’église est rendue au culte.
Aujourd'hui, les bâtiments conventuels sont une propriété privée et ne se visitent pas. Chaque été, des concerts sont organisés dans l'abbatiale.
