Het oude dorp Huizum ligt op een terp. Dit wijst erop dat er al voor het jaar 1000 bewoning aanwezig was. Na die tijd werd begonnen met de aanleg van zeedijken waardoor de terpen overbodig werden. De eerste schriftelijke vermelding van Huizum wordt gevonden in een brief van Wibald van Stablo, de abt van Corvey, die hij namens de "Khristenen van de Parochie Lieuward ten jaren 1149" aan de bisschop van Utrecht schrijft. Naast voorstellen betreffende de kerk van Leeuwarden, geeft de abt in deze brief het advies om de aanleg en de bewoning van Huizum te laten opgaan met die van Leeuwarden. Destijds stond de Potmarge Diept deze annexatie nog in de weg.
Tot 1 januari 1944 was Huizum de hoofdplaats van de gemeente Leeuwarderadeel en lag direct ten zuiden van Leeuwarden. Tijdens de Duitse bezetting, werd het zuidelijk deel van de gemeente Leeuwarderadeel (Leeuwarderadeel-zuid) bij de gemeente Leeuwarden gevoegd. Hierdoor werd Huizum een woonwijk van Leeuwarden. Tot 1965 stond het gemeentehuis van de gemeente Leeuwarderadeel nog in Huizum.