Už po realizovaní casti výstavby hlavnej trate c. k. privilegovanej Severnej železnice cisára Ferdinanda (k. k. priv. Kaiser Ferdinands Nordbahn, KFNB) z Viedne do Krakova cez Breclav, Prerov, Ostravu a Bohumín požiadal barón Rotschild 7. marca 1836 o povolenie na prípravné práce a výstavbu trate, odbocujúcej zo stanice Deutsch Wagram železnice Vieden -Bochnia KFNB a pokracujúcej cez Marchegg do Bratislavy. Zámer vyvolal priaznivý ohlas v celom Uhorsku, ale najmä v Bratislave, kde skupina 16 šlachticov, velkostatkárov a velkoobchodníkov z Bratislavy i okolia pod vedením baróna Juraja Walterskirchena založila hnutie na podporu výstavby železnice a súcasne navrhla aj výstavbu konskej železnice, ktorá by spájala pät královských miest s parostrojnou tratou Vieden – Marchegg - Bratislava. Prvý návrh konskej železnice ešte s prepravou osôb neuvažoval, predpokladal iba zrýchlenie prepravy polnohospodárskych výrobkov do Bratislavy a prostredníctvom trate Bratislava – Marchegg - Vieden aj na nové trhy. Slobodné královské mesto Bratislava návrh vrelo podporovalo: ponúklo zadarmo pozemky pre potrebu železnice a vyjadrilo ochotu kúpit aj 200 - 300 úcastín.
Skupina baróna Walterskirchena predostrela – spolu
s memorandom mesta na podporu výstavby trate KFNB Deutsch Wagram - Bratislava – 15. júna 1837 na Královské uhorské miestodržitelstvo projekt výstavby železnice Bratislava - Trnava o spojení královských miest župy „kolajnicovou cestou“ s animálnou trakciou. Prvá železnicná spolocnost v Uhorsku s názvom „Prvá uhorská bratislavsko - trnavská železnicná spolocnost“ vznikla 22. januára 1838, ked sa prvému valnému zhromaždeniu predložili na schválenie projekty a rozpocet stavby. Rozpocet stavby samozrejme drahé parné rušne neobsahoval a tak bol predpokladaný náklad stavby nízky, cinil iba 534.550 zlatých. Rozpocet vychádzal z predpokladu prepravy 60.000 cestujúcich a 600.000 metrákov tovaru rocne, co malo zabezpecit príjem 64.555 zlatých. 52% príjmov malo plynút z nákladnej, 48% z osobnej prepravy.
Stanovy spolocnosti potvrdil panovník Ferdinand V. už 6.marca 1839 a súcasne udelil spolocnosti aj stavebné povolenie a prikázal miestodržitelstvu, aby uzavrelo dohodu so spolocnostou. Prvú dohodu v Uhorsku o výstavbe železnice, podpísalo Miestodržitelstvo so spolocnostou 16. apríla 1839.
Casopis Jelenkor (císlo 37/1839) nadšene komentoval vydanie stavebného povolenia a pri tejto príležitosti uverejnil popis trate, jej technického vyhotovenia i
s tratou spojené nádeje a ocakávania. Ocakávania a nadšenie boli priam bezhranicné. Možno táto prehnanost spôsobila, že sa pociatocné nadšenie pri výskyte prvých tažkostí zmenilo na doslova bezhlavú paniku.
Podla pôvodných predstáv sa výstavba trate mala uskutocnit v priebehu dvoch rokov so stanicami Prešporok, Pezinok, Modra a Trnava, nákladiskom Svätý Jur a zastávkami Cífer a Raca. Mesto Modra ale nesúhlasilo s výstavbou „nemorálnost a hriech“ šíriacej železnice na území mesta a preto sa trasovanie zmenilo. Trat Modru obišla a viedla cez Šenkvice. Kým sa Modra spamätala, bolo neskoro. Pred výstavbou železnice kvitnúca Modra, väcšia ako susedný Pezinok, svoj význam postupne stratila.
Po uzavretí stavebnej zmluvy sa zacali stavebné práce, ktoré prebiehali spociatku bez problémov. Zemné práce sa až po Pezinok dokoncili a predpokladalo sa, že prevádzka úseku do Svätého Jura sa zacne na jar nasledujúceho roka a na celej trati na jar 1841, ale už
v novembri 1840 casopis „Jelenkor“ rozhorcene informoval o tažkostiach, ktoré sa vyskytli pri vyvlastnovaní. Tieto tahanice mali za následok zatial iba stratu casu a v lete 1840 sa podarilo dokoncit zemné práce až za Svätý Jur. Na úseku Bratislava - Svätý Jur zacala skúšobná prevádzka 24. septembra 1840 a po jej úspešnom ukoncení zacala 4. októbra 1840 prevádzka pre verejnost.
Na úseku Svätý Jur - Pezinok sa prevádzka zacala 30. júna 1841. Hoci v tomto case spolocnost už zápasila
s velkými tažkostami, predsa požiadala o súhlas s výstavbou trate Trnava - Sered, po ktorej sa malo prepravovat drevo a stavebniny, splavené do Serede po Váhu. Peniaze sa však minuli a väcšia cast trate do Trnavy ešte nebola postavená. Už bolo všeobecne známe, že náklady stavby sa silne podcenili (napokon sa vyšplhali na viac ako dvojnásobok predpokladanej sumy, t.j 1,2 milióna zlatých) a pociatocné nadšenie vystriedala všeobecná, až panická nedôvera. Predchádzajúce tažkosti s vyvlastnovaním spôsobili nanajvýš stratu casu, ale nedostatok penazí už priamo ohrozoval dalšiu výstavbu.
O priaznivom obrate, ku ktorému došlo v roku 1844, informuje krátky novinový clánok, oznamujúci, že „dávnejší vlastníci úcastín sa presvedcili o užitocnosti dostavby železnice po Trnavu resp. až po Sered“. Najdôležitejšími slovami clánku boli „resp. až po Sered“. Vlastníkom panstva v Seredi bol totiž gróf Karol Eszterházy, ktorý výstavbu železnice, ktorá umožnila spojenie jeho majetkov s Rakúskom, výdatne podporoval, co malo za následok aj stúpanie predaja akcií. K úspechu prispeli aj priaznivé hospodárske výsledky roku 1844: železnica prepravila 38.929 cestujúcich, co znamenalo príjem 39.501 zlatých, dalej 13.287 siah (39.862 t) dreva a 140.000 ks (904 t) tehál s tržbou 21.069 zlatých, takže spolocnost uzavrela rok so ziskom 15.466 zlatých. Peniaze sa teda podarilo zabezpecit a práce na stavbe (spolocnost požiadala miestodržitelskú radu o vyslanie inžiniera Hieronymiho pre vypracovanie projektu trate Trnava - Sered) sa rozbehli s velkou intenzitou. Na dalších úsekoch železnice zacínala prevádzka takto:
Pezinok - Šenkvice - 19. októbra 1845
Šenkvice - Báhon - 1. decembra 1845
Báhon - Cífer - 29. decembra 1845
Cífer - Trnava - 1. júna 1846
Kým sa prevádzka jednotlivých dokoncených úsekov zacínala bez zvláštnych ceremónií, zaciatok prevádzky na dostavanej trati sa uskutocnil za slávnostných okolností. Cestných hostí viezol z Bratislavy zvláštny vlak s dvomi voznami, hostí vítal trnavský meštanosta slávnostným prejavom, predneseným pred velkým poctom miestnych obcanov i zvedavcov
z celého okolia.
O zacatie prevádzky na úseku Trnava - Sered dlžky 15 km, ktorá sa zacala 11. decembra 1846, sa verejnost už prakticky nezaujímala, vtedy sa už dostávali do popredia budované parné železnice. Konská železnica bola vybudovaná dôkladne a prevádzkovala spolahlivo, bez porúch a mimoriadnyh okolností, o com sa aj vtedajšia tlac vyjadrovala s uznaním. Pre osobné vlaky zaviedli tri voznové triedy. Na trati konky premávali osobné vlaky s dvomi a nákladné so šiestimi voznami, hmotnost nákladu osobných sa urcila na 1800 a nákladných na 8000 kg. Osobné vlaky tahali „lahké“, nákladné „tažké“ kone, ktoré pracovali v rovnakom turnuse, denne museli prebehnút asi 40 km. Po dvoch dnoch služby mali den volna. „Lahké“ kone sa vyradovali po štyroch a „tažké“ po šiestich rokoch služby, ked sa odpredávali. Kone sa prepriahali v Raci, Pezinku, Šenkviciach a Cíferi, kde bolo v pohotovosti 6 až 9 koní a v zálohe dalšie 2 až 3 kone, kým v koncových staniciach (Bratislava a Trnava) bolo 6 až 8 koní.
Železnica nebola nikdy taká výnosná, aby dokázala financovat prechod na parnú trakciu a preto sa spolocnost napokon rozhodla železnicu predat. Železnica zmenila v roku 1871 za 810.000 zlatých majitela. Nový majitel, Wiener Wechselbank, ju predal už za 1,190.000 spolocnosti Považskej železnice, ktorá hodlala prejst na parnú trakciu a dobudovat trat až do Žiliny.
Žial, zo stavieb na celom svete snád najdlhšie prevádzkovanej konskej železnice nezachovalo ani jedno vozidlo a aj iných pamiatok je velmi málo.
V úseku trate Bratislava - Trnava bolo možné
v devätdesiatych rokoch miestami ešte objavit casti spodku opustenej trate. Stanicná budova v Trnave sa zbúrala v roku 1941 pri zdvojkolajnení trate Bratislava - Leopoldov, zachovala sa iba stanicná budova v Bratislave, rekonštruovaná do niekdajšej podoby, ale bez kolajiska.