Pěstování cukrové řepy výrazně ovlivnilo ráz Polabí, v rámci východních Čech se postupně tvořila hustá síť cukrovarů. Už v roce 1814 vznikaly jednoduché cukrovary v Čáslavi a Žlebech. V 60. letech 19. století se začaly zakládat spolkové rolnické cukrovary, například v Kolíně, Hradci Králové, i v Pardubicích se nalezla skupina zájemců uvažujících o založení vlastního cukrovaru. Jedním z iniciátorů byl c. k. poštmistr Josef Kraus, pod jeho vedením založila skupina družstevníků v roce 1869 cukrovar nacházející se po levé straně silnice směrem na Svítkov mezi budovami dnešní pošty a nádražní haly na náměstí Jana Pernera. Na jeho stavbu poskytl Josef Kraus i úvěr, on sám byl vlastníkem poloviny vydaných akcií, které byly prodávány ve dvou hodnotách, 500 a 250 zlatých, v celkovém počtu 800 kusů, kapitál tedy činil 300 000 zlatých, ovšem na pokrytí celé výstavby nestačil, a proto bylo nutné dokončit výstavbu za podpory věřitele. Prvním ředitelem pardubického Akciového cukrovaru byl jmenován Josef Pfleger, významná osobnosti v oblasti cukrovarnictví, stavitel několika továren na českém území, tvůrce odborného názvosloví a iniciátor myšlenky založení cukrovarnického spolku. Východočeský spolek cukrovarnický byl založen v Kolíně roku 1869 a jeho členy byli zástupci dvaceti sedmi továren, mimo jiné mezi ně patřil Josef Prokop, jehož slévárna do roku 1880 vyráběla zařízení pro cukrovary.
Kapacita výroby byla na počátku nastavena na produkci 30 000–40 000 tun bílého cukru a 3 000–4 000 tun suroviny v rámci jedné kampaně, polovina produktu byla prodávána na domácím trhu a druhá polovina byla určena zahraničí. V průběhu kampaně, která trvala v průměru čtyři měsíce, bylo v cukrovaru zaměstnáno až 450 osob. Již po prvním zpracování úrody bylo jasné, že strojní vybavení na principu lisu nevyhovovalo a dochází k novému vybavení továrny na difusní bázi. Tímto se také zvýšila denní produkce.
Cukrovar byl i v průběhu dalších desetiletí neustále technicky inovován a nejrozsáhlejší rekonstrukce byly provedeny v letech 1888, 1908 a 1913, později byla továrna spojena vlečkou s hlavní železniční tratí. Před počátkem první světové války denní výroba cukrovaru dosahovala přibližně 9 000 tun řepy.
V roce 1917 se pardubický akciový cukrovar sdružil spolu s průmyslovými cukrovary v Cerekvici nad Loučnou, Hrochově Týnci, Cholticích, Slatiňanech a Vrdech v cukro-varnickou agencii se sídlem právě v Pardubicích. V roce 1919 si cukrovar zřídil vlastní elektrárnu, měl svou transformační a čerpací stanici, usazovací jáma byla zřízena pro čištění odpadních vod, na konci 20. let byla provedena další racionalizace výroby a modernizace strojního zařízení. Léta hospodářské krize dopadla i na cukrovarnictví, proto byl pro vyšší stabilitu i prosperitu sloučen cukrovar pardubický s cukrovarem v Moravanech, v roce 1931 tak vzniká cukrovar Pardubicko-Moravanský. O deset let později došlo k dalšímu sloučení tentokrát s cukrovarem v Kouřimi, nově vytvořený podnik nesl název Akciový cukrovar Pardubicko-Kouřimský. Nebylo mu však dopřáno dlouhého trvání. V roce 1944 se mu staly osudnými nálety anglo-amerických vojsk na město Pardubice. V cukrovaru po zásahu tří bomb vypukl požár, který nebylo v silách hasičských oddílů uhasit, snažily se alespoň zamezit šíření ohně na okolní budovy, zejména blízký lihovar. Rafinerie tak z větší části vyhořela a ve svou činnost již neobnovila. Likvidační správní rada začala po osvobození v roce 1945 rozprodávat zbytky strojů a dala odstranit i zbylé budovy. V tradici zpracování řepy od té doby pokračovaly cukrovary, v Přelouči, Dašicích nebo Cholticích, jejichž kořeny též sahaly do období konce 60. a počátku 70. let 19. století.