Tilbage i 1873, da J.V. Ummach slog stregerne til afvandingsprojektet Kolindsund blev hele projektet planlagt med kun en central pumpestation bestående af en vandmølle og en B&W dampmaskine placeret i nærheden af Fannerup. Dette blev forløberen til det, vi i dag kender som Fannerup Pumpestation.
Indløbskanalen er stadig den samme, men bygningerne der rummede den dampmaskinedrevne pumpe og vindmøllen er forlængst væk. Det eneste tilbageværende er rester af fundamentet fra vindmøllen på den østlige side af indløbskanalen få meter fra den pumpestation, der blev opført med statens hjælp i 1935 til 1938. Ved den store grundvandssænkning i 1938 blev pumpedybden ændret far 2,60 til 5 meter under DNN. (Dansk Normal Nul = havets overflade ved Kattegat)
Fannerup pumpestation, som den ser ud i dag, er opført i 1938, som et af resultaterne af den store statsstøttede grundvandssænkning, der blev gennemført som følge af Kanslergadeforliget i 1935. Pumpestationen, der er tegnet af ingeniør H.M- Markersen rummer to store propelpumper, der løfter vandet fra indløbskanalen 5,60 meter op i udløbskanalen, der er direkte forbundet med Nordkanalen, der løber langs hele Kolindsunds nordside.
Pumperne i Fannerup pumpestation er stadig de samme propelpumper, der blev sat i gang i 1938.
Dog er indmaden i pumpehusene skiftet ud med mere effektive propeltyper i midten af 90’erne.
De gamle propeller fra 1938 kan stadig ses på jorden tæt på pumpestationen.