Fraugde kirke blev oprindelig bygget som en kvaderstenskirke i 12. århundrede. Måske blev der bygget en kirke af træ tidligere, men da der ikke er foretaget arkæologiske udgravning ved vi intet derom. Hvem der har bygget kirken kan der kun gisnes om.
Men med Fraugdes placering tæt ved bispebyen Odense, hvor der omkring år 1100 var både domkirke og en velorganiseret gejstlig struktur, er det nærliggende at antage, at byggeriet kan have været iværksat af klerikale kredse i Odense og støttet af stormænd og selvejerbønder.
Sikkert er det at Fraugde kirke allerede i den tidligere middelalder var en ualmindelig stor og statelig landsbykirke.
På kirkegården ved fællesgravanlægget og urnegravene er der i cirklen med bænke opsat en sten, som blev fundet i sakristiet i forbindelse med renovering af dette.