El territorio de Huimilpan estuvo ocupado por un buen número de culturas, entre ellas destacan la Otomí, que dejó huella y aún existen pobladores con las características de esta cultura. A lo largo del río Huimilpan, se han localizado dos zonas arqueológicas; una de ellas se encuentra en la parte Sur del municipio, en la comunidad de San Pedro Norte, en el Cerro de Capula, compuesta por cuisillos que fueron construidos por alguna cultura no identificada aún. Se cree que estos pobladores pudieron haber sido de la cultura tarasca
La segunda zona se encuentra en la parte Norte del municipio, en las comunidades de La Puerta del Tepozán, Carranza, El Vegil, El Milagro, El Garruñal y El Zorrillo. Se dice que habitaron estas tierras los Teotihuacanos, los Tarascos y los Otomíes; que este territorio era frontera entre Tarascos y el Reino Azteca, pero un estudio que soporte lo anterior no existe aún.
A la llegada de los conquistadores se encontraron con dos culturas, por un lado la de los Chichimecas, cultura nómada que se dedicaba a la caza, pesca y recolección de frutos, y la Otomí que era sedentaria y cultivaba el maíz, la calabaza, el chile y el jitomate, patrón alimenticio principal de esta cultura.
La conquista del pueblo de Huimilpan se llevó a cabo el 10 de julio de 1529, por el Capitán de Entradas Don Nicolás de San Luis Montañés, descendiente de Reyes y Emperadores de los Reinos de Tula y Xilotepec y la de la Corona Española en 1529. En la época Colonial se instalaron diez haciendas a lo largo del territorio (motores económicos de esta época), entre ellas: Los Cués, Santa Teresa, Lagunillas, Ceja de Bravo, El Vegil, Apapátaro, La Noria, Carranza, El Milagro y la de los Indios que pertenecían al pueblo de Huimilpan y se ubicaba en la trasquila a 1.5 Km de la Cabecera Municipal, donde fue fundado el pueblo.
El municipio de Huimilpan se encuentra localizado en el Suroeste del estado de Querétaro, forma parte de la Sierra Queretana, misma que pertenece a la Sierra Madre Oriental. En la parte Este, limita con los municipios de Pedro Escobedo, Amealco de Bonfil y una mínima parte de San Juan del Río, al Oeste limita con el municipio de Corregidora y el estado de Guanajuato, y en la parte Sur colinda con el municipio de Amealco de Bonfil y los estados de Michoacán de Ocampo y Guanajuato; y al Norte colinda con los municipios de El Marqués, Querétaro y Pedro Escobedo.
Cuenta con los siguientes atractivos turísticos: El Parque Nacional Cimatario está al norte, en el límite con el municipio de Querétaro, lo mismo que Mundo Cimacuático, parque recreativo manejado por el estado con zona balnearia y para campamento. El Museo Comunitario está en San Pedro. Contiene piezas prehispánicas. La pesca deportiva se da en la presa Miguel Domínguez (Presa San Pedro), incluyendo un torneo anual.