Der Erzähler begegnet nach einer Notlandung mit seinem Flugzeug in der Sahara dem kleinen Prinzen. Er soll diesem ein Schaf zeichnen, doch der kleine Prinz ist mit keiner Zeichnung zufrieden, so zeichnet der kleine Prinz selbst eine Kiste und erklärt, dass darin das Schaf steckt. So freunden sich die beiden an und der kleine Prinz erzählt dem Erzähler seine Geschichte: Der kleine Prinz stammt von dem Asteroiden B612, der kaum größer als ein Haus ist. Seine Beschäftigung besteht im Reinigen von Vulkanen und dem Herausreißen von Affenbrotbäumen (Baobabs).
Einmal entdeckte er eine Rose, doch diese war ihm zu eitel und anspruchsvoll. So verließ er seinen Asteroiden und besuchte verschiedene Planeten. Auf dem sechsten wurde ihm geraten, den Planeten Erde zu besuchen.
Hier begegnet er erst einer klugen Schlange, er findet einen Rosengarten und trifft schließlich einen Fuchs, der ihm einige "Geheimnisse" verrät: "Man kennt nur die Dinge, die man zähmt", "Man sieht nur mit dem Herzen gut. Das Wesentliche ist für die Augen unsichtbar" und "Du bist zeitlebends dafür verantwortlich, was du dir vertraut gemacht hast".
Letztlich bekommt der kleine Prinz Heimweh nach seinem Asteroiden und seiner Rose und sucht nach einer Möglichkeit, zurückzugelangen. Nachdem er von einer Giftschlange gebissen wurde, ist er am nächsten Morgen verschwunden. Der Erzähler hat inzwischen sein Flugzeug repariert und kehrt in seine Welt zurück, doch bittet er alle Leser, ihn bei der Suche nach dem kleinen Prinzen zu unterstützen.
Das wohl bekannteste Zitat dieses Märchens lautet: "Man sieht nur mit dem Herzen gut. Das Wesentliche ist für die Augen unsichtbar."