L’església és d’una nau amb capelles laterals i, malgrat tenir quasi 250 anys, bona part de l’edificació la devem a una reforma de principis del segle XX, que li afegí un atri de tres arcs de mig punt i el campanar torre de planta quadrada, coronat per una cúpula apuntada rematada amb una creu. Adossada a l’esquerra hi ha l’hostatgeria, del segle XVIII, condicionada i ampliada els darrers anys. Actualment l’hostatgeria està tancada.
Santuari de devoció notable i lloc de pelegrinatges i aplecs. Està dedicada a la màrtir germànica que es diu que fou convertida al cristianisme per Sant Narcís. Tradicionalment Santa Afra ha tingut una gran advocació entre els gironins per la seva relació amb Sant Narcís, patró de Girona. Segons la tradició, a principis del segle IV el bisbe Sant Narcís i el seu diaca Sant Fèlix van arribar a la ciutat alemanya d’Augsburg on van trobar hospedatje a la casa d’Afra, dona de religió pagana que hauria estat devota de Venus. Havent conegut a Sant Narcís, Afra es va convertir al cristianisme. L’endemà, el prefecte de la ciutat, també pagà, en coneixement de l’estada dels dos cristians a casa d’Afra, va ordenar que fos cremada viva en un pal del riu Lech.
La llegenda popular diu que, en el dia de la seva festa s’esdevé un fet molt curiós, quan els raigs de sol piquen amb més força, el bestiar s’està tranquil i quiet a l’aire lliure, confirmant l’adagi popular que diu:
“En l’aplec de Santa Afra ni les mosques ni les abelles piquen”