Het Polderhoofdkanaal is aangelegd vanaf ongeveer 1875 en werd gebruikt voor de beheersing van het boezemwaterpeil en scheepvaart.
De directe aanleiding voor het aanleggen van het Polderhoofdkanaal vormde het in die periode (midden en laatste helft 19e eeuw) veelvuldig optreden van overstromingen als gevolg van de hoge stand van het provinciale boezemwater. Samen met het Polderhoofdkanaal werden de polderdijken, een tweetal schutsluizen aan de uiteinden van het kanaal, en een aantal (draai)bruggen aangelegd. Voor de boezembemaling van de polder werd bij het Grietmansrak het stoomgemaal "de Veenhoop" gebouwd. Nu is scheepvaart in het Polderhoofdkanaal niet meer mogelijk maar voor het op peil houden van het boezemwater. Het kanaal maakt dus deel uit van de waterbeheersing in de veenpolder. In de grote veenpolder komt kwelwater van het Drents Plateau naar boven. Door deze kwelstroom is het water in het Polderhoofdkanaal van een uitzonderlijke kwaliteit. Een gevolg hiervan is dat in het kanaal een goed ontwikkelde onderwatervegetatie aanwezig is en er zeer vele, zeer zeldzame en zeer zwaar beschermde planten en dieren voorkomen. Onderdeel hiervan is de zeer zeldzame gestreepte waterroofkever. Daarnaast komen er nog een aantal beschermde soorten in en rond het kanaal voor zoals de libelle de groene glazenmaker, vissen zoals de kleine modderkruiper, grote modderkruiper en bittervoorn en planten als Krabbescheer en Fonteinkruiden.
