A povoação de Mafamude é já documentada como tal no início do século X, na doação que o rei de Leão D. Ordonho II fez em 922 da vila de Portucale, aí delimitada entre Mafamude e Coimbrões (Colimbrianos), ao sul do Douro, no sítio da antiga Cale (hoje Gaia, Gallia na doação). O árabe Mahmud ou Mahamuti que deu o nome ao lugar especula-se que possa ser o rei mouro que a célebre Lenda de Gaia chama Abencadão, o que remeteria a fundação de Mafamude para meados do século IX.
Sabe-se que D. Ordonho II chegou a ter paço em Mafamude, sendo certamente no lugar de Paços de Rei, que era o mais central da freguesia, próximo da igreja matriz. Aí nasceu a antiga quinta de Paços de Rei e o lugar onde poderiam estar alguns vestígios dos paços de D. Ordonho está hoje por baixo dos novos acessos que ligam o centro de Gaia à ponte do Freixo. A velha quinta de Paços de Rei, muito diminuída por vendas, passou depois a chamar-se quinta de Feijô e foi do filósofo Eduardo Abranches de Soveral. Na aldeia de Pedras existiam também umas pedras lavradas antigas, que terão dado nome ao lugar. Na guerra civil, os Miguelistas instalaram aí uma bateria, para bombardear o mosteiro da Serra do Pilar, e serviram-se destas pedras. Mas toda a freguesia é muito antiga e terá naturalmente muitos restos arqueológicos. Os paços de D. Ordonho, a existirem, mais provavelmente terão sido em Paços de Rei, como o nome indica, concretamente no local popularmente chamado Cova da Moura, justamente em Paços de Rei, hoje por baixo dos acessos à ponte do Freixo, como ficou dito.
Mafamude continua a ser bem documentada ao longo de toda a Idade Média e Renascimento. Documenta-se, por exemplo, que em 1292 era o rei que apresentava o abade de S. Cristóvão de Mafamude. No início do século XVIII, o Padre António Carvalho da Costa, na sua Corografia Portuguesa (1706 - 1712), diz que S. Cristóvão de Mafamude tinha 101 visinhos. Em meados desse século, as chamadas 'Memórias Paroquiais de 1758' permitem traçar um mais rigoroso retrato da freguesia, feito pelo abade local António José de Moura, que o assinou a 18 de Abril de 1758. Diz ele, nesse relatório, que a freguesia de S. Cristóvão de Mafamude ficava na província da Beira, no bispado da cidade do Porto, na comarca da Feira, e pertencia ao termo da dita cidade do Porto. Acrescenta que Mafamude estava então dividida por cinco senhores: a marquesa de Abrantes; o reguengo de Gaia a Pequena, de que então era senhor Diogo Leite Pereira, fidalgo da Casa Real e morgado de Campo Belo; o mosteiro da Serra dos Cónegos Regulares de Santo Agostinho (Serra do Pilar), o Cabido da Sé do Porto e a Santa Casa da Misericórdia do Porto.
Quanto à população, ficamos por este relatório a saber que em 1758 Mafamude tinha 340 vizinhos e, no geral, aí viviam 1.328 pessoas. A freguesia era então constituída por 23 aldeias ou lugares, a saber (grafia actualizada): Laborim de Cima e de Baixo, Oleiros, Venda, Rasa, Santo Ovídio, Telhado, Agueiro, Trancoso, Paços de Rei, Zenhas, Pedras, Casal, Bandeira, Palhacinhas, Cravel, Pedrouces, Forneiro, Crasto, Monte Pequeno, o Arco, a Bouça e o Tornete.
Refere também que, além da matriz, dedicada a São Cristóvão, existiam então duas capelas na freguesia, ambas da paróquia: a do Padrão e a de Santo Ovídio.
Diz ainda que a freguesia estava sujeita ao juiz de fora, Senado da Câmara e mais justiças da cidade do Porto, bem assim como ao governador de armas desta cidade.
No censo demográfico mandado fazer entre 1776 e 1778 por Pina Manique, Mafamude tinha 609 fogos (casas/famílias).

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