Eerste vermelding van een Sint-Katharinakapel in 1227, officiële oprichting van de parochie "Sint-Catharine-ten-Cnocke" in 1253, hierbij wordt de kapel wellicht verheven tot doopkerk of parochiekerk. Deze kapel wordt waarschijnlijk geïntegreerd in de Sint-Margaretakerk. De eerste vermelding van de kerk gebeurt in 1477 in het oudst bestaande kadasterboek, als gelegen in de noordoosthoek van het 10de begin van de Watering Reigaarsvliet. In 1455 duidelijke vermelding in een verslag van de bisschop van Doornik. Tijdens de 15de, 16de en 17de eeuw speelt de kerktoren een belangrijke rol als uitkijkpost bij de verdediging van de kust en het Zwin. De kerk heeft zwaar te lijden onder de beeldenstorm en de godsdiensttroebelen van de tweede helft van de 16de en de eerste helft van de 17de eeuw. In 1578 wordt de klok uit de kerk naar Brugge overgebracht. In 1596 aanbesteding en uitvoering van restauratiewerken aan de glasramen, het altaar en de bogen. De kerkhofmuur wordt waarschijnlijk door dorpsbewoners afgebroken tijdens de godsdiensttroebelen om hun huizen te herstellen. Voltooiing van de werken in 1613. Nieuwbouw van de toren naar model van de oude van 1632 tot 1642, de vieringtoren wordt een geveltoren (huidige toren). Herstellingswerken uitgevoerd van 1637 tot 1639 en in 1642. In 1648 wordt de zonnewijzer met het wapenschild van Marcus Albertus Arazola d'Ognati (burgemeester van het Noord-Vrije en herstichter-hoofdman van de Sint-Sebastiaansgilde) aangebracht op de toren van de kerk. In 1763 ondergaat de kerktoren, waarin nog steeds slechts één klok hangt, een ingrijpende restauratie. In 1796 worden de kerkregisters opgeëist en de eigendommen aangeslagen en verkocht. De kerk wordt terug in gebruik genomen na het concordaat van juli 1801. In 1827 wordt de oorspronkelijke klok uit de toren gehaald en vervangen door een klok van klokkengieter J. Dumery genaamd "Margareta Donatus". Uitbreiding van de kerk in 1852 n.o.v. architect en provinciaal bouwmeester P. Buyck (Brugge). Bouw van een nieuwe koorpartij in 1905 door aannemer A. Debever (Oostende). In 1921 wijding van twee nieuwe klokken "Margareta" en "Donatus" (klokkengieterij Slegers-Causard te Tellin). Restauratie door J. Viérin (Brugge) in 1926. In het interbellum wordt aan de noordzijde van de toren een kleine kapel aangebouwd die verdwijnt bij de slopingswerken van 1957.
De kerk wordt zwaar beschadigd tijdens de Tweede Wereldoorlog. In 1951 plaatsing van een nieuwe klok ter vervanging van de in 1941 ontvreemde klok (klokkengieterij Michiels, Doornik). Er wordt beslist om het zwaar vernielde schip van de kerk te vervangen door een nieuwe kerk. Van 1955 tot 1958 planning en opbouw van een nieuwe kerk op dezelfde plaats, met behoud van de beschermde toren (architect J. Ritzen, Antwerpen). De nieuwe kerk wordt in 1958 ingewijd als "Onbevlekt Hart van Maria- en Margaretakerk" (zie verder).
In 1991, restauratie van het torentje door architect H. Verhaeghe (Knokke-Heist), plaatsing van een nieuw torenspitskruis met vergulde haan. Buitenschrijnwerk vervangen in 1992.
Achthoekige (west)toren op vierzijdige basis uit 1642. Rode, oorspronkelijk witgekalkte baksteenbouw met steunberen, leien torenspits met dakkapel. Overgang van vierzijdig naar achtzijdig grondvlak door halfronde trompen, langs buiten afgedekt door halve piramiden. Westgevel met rondbogige enigszins verdiepte ingang in een geriemde omlijsting, daarboven loodraampje met glaswerk en poortje uit 1991. Aan de noordzijde verbinding met de nieuwe kerk. Zuidgevel met houten kruisbeeld en poolsteenzonnewijzer van 1648 van het verticale type in natuursteen, vervaardigd door Matthues Scheefer. Wapenschild van Marcus Albertus Arazola d'Ognati, van zilver met groene boom en twee zwarte wolven aan de voet van de boom, wapenhelm met vijf zilveren en vijf groene struisveren. Oostgevel, onderaan nog deels witgekalkt met verdiept glasraam. Acht galmgaten ingedeeld door een bakstenen middensteun, omlopende waterlijst. Geprofileerde zijkanten door een kraalprofiel tussen twee afgeschuinde kanten.
Op het gelijkvloers zijn er vier doorgangen, op de noord- en zuidzijde hebben de rechtstanden en de spitsbogen rechte kanten, waarschijnlijk zijn deze nog restanten van het oorspronkelijke 14de-eeuwse torentje, gewijzigd aan de andere zijden. Binnen zijn er oudere rechtstanden boven de segmentbogen (waarschijnlijk oorspronkelijke vieringbogen). Vier segmentboogopeningen op de eerste verdieping, oorspronkelijk in de oostgevel.