Så vad är då en dotplot? I det här fallet är det ett sätt att jämföra två sekvenser, antingen från DNA, RNA eller protein. I dess enklaste form skapar man en matris (ett rutnät) och skriver en sekvens på varje axel. Man gör sedan en punkt i varje ruta där sekvensen är densamma. Därmed kommer man att få ett diagonalt streck om sekvenserna är identiska.
En enkel dotplot för sekvenserna DEE och DEF.
Eftersom det i de flesta proteiner bara finns 20 olika sorters aminosyror kommer en dotplot som jämför två proteiner ofta innehålla ett antal punkter som inte är relevanta för att se deras likhet.
Dotplot för sekvenserna för histon H2AX från människa och gran.
För att bli av med dessa brukar man därför använda något som kallas "sliding window". Detta innebär att man kollar på flera aminosyror åt gången och bestämmer hur många av dem som ska vara lika för att de ska räknas. Istället för punkt brukar man i detta fall markera med streck med samma längd som fönstret. Man brukar i detta fall tala om två relevanta värden, wsize och nmatch. wsize är hur stort fönstret är, dvs hur många aminosyror man studerar åt gången, och nmatch är hur många av dessa som måste vara identiska.
Ett exempel på hur sliding window fungerar. I detta fall är wsize = 3 och endast de fyra första fönstren visas. nmatch = 2 uppfylls av alla fyra fönster, nmatch = 3 uppfylls endast av det gula fönstret.
Dotplot för sekvenserna för histon H2AX från människa och gran, denna gång med wsize = 4, nmatch = 3.
Så är det då dags för själva julpysslet. Målet är att tillverka den bild som visas nedan. För detta behöver du tillverka nio dotplots från nio sekvenspar och passa in dem i rätt ruta. Det är viktigt att varje dotplot blir kvadratisk, så du får skala axlarna till lämplig storlek. I övrigt är det bara att följa instruktionerna och använda de wsize och nmatch som anges.
Den juliga bilden man får om man följer instruktionerna.
Sekvenserna:
- Gran wsize = 4, nmatch = 3:
- >1
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXMSTTRPRAATHSASSGSVSRSSKHSARVITQTPVDAKLQAEFEGSVHSFDYTKSID
ISGDSSSVPSETVKAYLQRLQKEMLIQPFGCVLAVEEGSCAVVGYSENAPEMLDVVGGA
HAVPSIGGQQQEGGGGGGGLLRIGMDARTLFKPASAAALQKAATFADMHLVNPIFVRCN
RSGKPF
- >2
XXXMSTTRPRAATHSASSGSVSRSSKHSARVITQTPVDAKLQAEFEGSVHSFDYTKSIDI
SGDSSSVPSETVKAYLQRLQKEMLIQPFGCVLAVEEGSCAVVGYSENAPEMLDVVGGAHA
VPSIGGQQQEGGGGGGGLLRIGMDARTLFKPASAAALQKAATFADMHLVNPIFVRCNRSG
KPF
- Ljusstake wsize = 6, nmatch = 3:
- >1
EIIGGAKHDPNDKDDGRRMHPRSSFKAFWWWWWLEVVKRRSLPEDVEMDAIHSLQLILRD
SFH
- >2
WWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWW
WWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWW
WWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWWW
- Juleljus wsize = 3 nmatch = 2:
- >1
AATTTGTATTGCCATCGGCAGCGGCGTCTGTTCTACTCA
- >2
TTCCCAAACTAGATCGTCCTTTGCCGCAGCGCCACTTCCA
- Glögg wsize = 1 nmatch = 1:
- >1
IHKSGRETQPLDNFAWMYYMWAFNDLPQTERGSKHICCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
CCCCCCCCCCC
- >2
VVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVYMWAFNDLPQTERGSKHIIHKSGRE
TQPLDNFAWMY
- Pepparkaka wsize = 1, nmatch = 1:
- >1
DMMYDYYADAAYMYDMMDYAAMDMAYDMCGHIKLWVRSNEENSRVWLKIHGC
- >2
FFFPTQFPTPFQPPPPQFPQTTTTTQFPCGHIKLWVRSNEENSRVWLKIHGC
- KalleAnka wsize = 3 nmatch = 2:
- >1
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCATGCATGC
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
- >2
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
- Paket wsize = 2, nmatch = 1:
- >1
FPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRQGQKTGSQGGSSTETHSGEE
GQEIQSHSTGGITKGSHHKI
- >2
FPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRFPLRMDDWYVVDWDDMNDVVDVNW
NNNWNWADDCNYMYCWYCWY
- Skinka wsize = 1, nmatch = 1:
- >1
ACDEFGHIKLMNPQRSTVYXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
- >2
XYVTSRQPNMLKIHGFEDCA
- Knäck wsize = 1, nmatch = 1:
- >1
ACDEFGHIKLMNPQRSTVYYVTSRQPNMLKIHGFEDCA
- >2
ACDEFGHIKLMNPQRSTVY
När du är klar med tillverkningen av bilden så ska du sätta ihop namnen på sekvensparen i den ordning som siffrorna i bilden anger (om Gran har 2 och Skinka 1 blir textsträngen SkinkaGran). Textsträngen ska sedan användas för att skapa en koordinat med hjälp av CoordMaker. Den koordinaten kommer dock inte leda till cachen, utan du ska istället skriva in den i geocheckern för att få fram den riktiga. Lycka till!
