Parafialna świątynia w Karnkowie położona jest na niewielkim wzniesieniu, w otoczeniu drzew. Najstarsza wzmianka o miejscowości Karnkowo pochodzi z 1271 r. Przez wieki była to siedziba rodu Karnkowskich, z których najsłynniejszym był Stanisław Karnkowski (1520-1603), biskup włocławski, a potem arcybiskup gnieźnieński.
Erekcja parafii w 1779 r.; do 1925 r. parafia należała do diec. Płockiej.
Obecny budynek kościoła parafialnego rozplanowany jest na rzucie nierównego krzyża łacińskiego, który tworzą: prezbiterium, nawa, dwie kaplice boczne, wieża oraz zakrystia z bocznym aneksem. Kościół jest orientowany (położony na osi wschód - zachód) z niewielkim odchyleniem prezbiterium ku południowi. Do kościoła prowadzą trzy wejścia. Główny portal znajduje się w fasadzie zachodniej. Boczne - w kaplicy północnej oraz w aneksie zakrystii. Kościół wykonany został z cegły i pokryty jest tynkiem (obecne otynkowanie wykonano w 1992 r.) Zdobią go cztery barokowe szczyty (frontowe ściany kaplic oraz zakończenie nawy i prezbiterium). Przekrycie budynku stanowią dachy siodłowe kryte blachą. Zakrystia ma dach pulpitowy. Do początku lat 80-tych kościół był pokryty dachówką (karpiówka). Maksymalna wysokość budynku osiąga około 25 m. Kościół jest otoczony murem betonowym. Powstał on, a przynajmniej jego część, około 1824 r. Od południa do świątyni wiodą schody oraz jedno-przelotowa brama z furtkami po bokach. Brama wybudowana została w XIX w. Pochodzi z początków stulecia. Od zachodu na pagórek, na którym usytuowany jest kościół wiodą schody i taras zbudowane, jak wskazuje data, tam umieszczona, w 1975 r.
