Es wird vermutet, dass sich einst das römische Kastell Joviacum in diesem Gebiet befand, allerdings fehlen Funde um dies zu beweisen. Eine weitere Theorie besagt, Joviacum hätte sich beim heutigen Kloster Pupping befunden.
Im Laufe der Zeit waren verschiedene Schreibvarianten wie Gstettenau, Gstättenau, Gestettenau oder Gestöttenau verbreitet. Der Ortsname kommt von „Stätte“ (= Ort) und „Au“ (=Feuchtlandschaft). Zum ersten Mal genannt wurde Gstöttenau im Jahr 1317 unter der Bezeichnung „Stetten ob Everding“.
Das Schloss Gstöttenau dürfte zur Barockzeit erbaut worden sein, es wurde 1742 beschrieben als „ein schönes [...] auf einer fruchtbaren Ebene gelegenes und auf die neue Art erbautes Schloss“. Nachdem es im Laufe der Zeit verschiedene Besitzer hatte, ging das Schloss 1620 an die Starhemberger über, in deren Besitz es bis 1934 verblieb. Bereits um 1830 war das Schloss zur Ruine geworden, im Jahr 1884 wurde es abgetragen und über den Grundfesten wurde ein Stadel errichtet, der sich jedoch nicht völlig mit diesen deckt.
Heute sind nur noch Baureste des einstigen Schlosses vorhanden, der frühere Meierhof bzw. das einstige Brauhaus (am Bild rechts oben) ist jetzt das Gasthaus Schickerbauer (-> vom Cache in Richtung B130)
Gerüchten zufolge gab es einst einen unterirdischen Verbindungsgang zwischen der Schaunburg und dem Schloss Gstöttenau, allerdings konnten dafür nie Beweise gefunden werden.