Dworzec znajduje się w centrum miasta, przy ul. Dworcowej. Do budynku są dwa wejścia: od strony peronów i od strony miasta. W środku znajdują się kasy biletowe i informacja. Do dyspozycji podróżnych jest poczekalnia. Przy budynku znajdują się 3 perony. Przez stację przechodzą 3 linie kolejowe z czego 2 są nadal używane. W eksploatacji są linie: 353: Poznań Wsch. - Skandawa i 239: Mogilno - Orchowo. Komunikaty dotyczące ruchu pociągów podawane są przez megafony. Działa tu Mogileńskie Stowarzyszenie Sympatyków Kolei. Lokomotywownia jest dalej używana przez lokomotywy manewrowe i drezyny. Codziennie zatrzymuje się tu od 45 do 50 pociągów. Są to składy Regio, INTERregio, VIAregio, MUSICregio i TLK. Co dziennie bieg rozpoczyna tu i kończy kilka pociągów REGIO, m. in.: Mogilno-Gniezno, Mogilno-Poznań GŁ., Mogilno-Inowrocław oraz Mogilno-Toruń GŁ. Znajdują się tu nastawnie MG1, MG2 i SKP Mogilno. Dworzec powstał w XIX wieku.