Vzhledem k výjimečně velkému výškovému rozpětí zahrnuje rezervace tři základní vegetační jednotky: květnaté bučiny (Fagion), acidofilní horské bučiny (Luzulo-Fagion) a klimaxové smrčiny (Piceion excelsae).
Plošně převažují acidofilní třtinové smrkové bučiny (Calamagrostio villosae-Fagetum), pokrývající horní části svahů zhruba nad 1050 m n. m. Níže jsou vytvořeny květnaté kyčelnicové bučiny (Dentario enneaphylli-Fagetum). Stromové patro přirozených květnatých bučin je tvořeno bukem lesním (Fagus sylvatica), smrkem ztepilým (Picea abies), jedlí bělokorou (Abies alba), javorem klenem (Acer pseudoplatanus) a jilmem horským (Ulmus glabra).
V druhově bohatém bylinném podrostu mimo jiné rostou čarovník prostřední (Circaea ×intermedia), pitulník horský (Galeobdolon montanum), kyčelnice devítilistá (Dentaria enneaphyllos), k. cibulkonosná (D. bulbifera), vraní oko čtyřlisté (Paris quadrifolia), samorostlík klasnatý (Actaea spicata) a bukovník kapraďovitý (Gymnocarpium dryopteris), na suťovém terénu je častý vranec jedlový (Huperzia selago). V keřovém patru se objevují zimolez černý (Lonicera nigra) a lýkovec jedovatý (Daphne mezereum). Bylinné patro kyselých třtinových bučin je, vyjma vlhčích a prosvětlenějších partií, velmi chudé. Kromě třtiny chloupkaté (Calamagrostis villosa) v něm rostou kokořík přeslenatý (Polygonatum verticillatum) a věsenka nachová (Prenanthes purpurea), poměrně velké polykormony vytváří plavuň pučivá (Lycopodium annotinum).
Lesní porosty ve vrcholové poloze hřbetu Pažení a na vrcholové kupě Boubína mají charakter člověkem pozměněných klimaxových třtinových smrčin (Calamagrostio villosae-Piceetum). Nejméně dotčené a nejpřirozenější jsou smrčiny na severovýchodním podvrcholovém svahu Boubína. Jejich podrost tvoří zejména třtina chloupkatá, bika lesní (Luzula sylvatica) a velmi roztroušeně papratka horská (Athyrium distentifolium).
V mechovém patru mnohde dominují dvouhrotec chvostnatý (Dicranum scoparium), rokyt cypřišovitý (Hypnum cupressiforme) a ploník ztenčený (Polytrichum formosum).
V inverzních polohách a na půdách ovlivněných vodou se místy nacházejí azonální porosty podmáčených smrčin asociace Mastigobryo-Piceetum, v nichž v polštářích rašeliníků na několika místech vzácně roste bradáček srdčitý (Listera cordata). Na mírných svazích nalézáme četná prameniště s vlhkomilnou vegetací svazu Cardaminion amarae a drobné potůčky, lemované obvykle vysokobylinnou vegetací s dominantním devětsilem bílým (Petasites albus). V nich nalezneme vzácnější mechorosty, mj. stěkovec mnohodílný (Riccardia multifida) a měřík velkolistý (Rhizomnium magnifolium). Na lesním suťovém prameništi nad pralesem byl nalezen jeden z nejvzácnějších druhů Šumavy, vrbovka ptačincolistá (Epilobium alsinifolium).
Boubínský prales je vzhledem k množství tlejícího dřeva a vysoké vzdušné vlhkosti mimořádně cennou a jedinečnou bryologickou lokalitou. Mezi běžné epixylické mechorosty patří pařezovec křivolistý (Nowellia curvifolia), křepenka řetízková (Cephalozia catenulata), kryjnice švédská (Calypogeia suecica) a stěkovec prstnatý (Riccardia palmata), roste zde také velmi vzácná křižítka vystoupavá (Lophozia ascendens). V minulosti zde byly nalezen pařezníček celokrajný (Anacamptodon splachnoides) a šikoušek zelený (Buxbaumia viridis).
Zajímavý je v rezervaci výskyt některých epifytických druhů lišejníků, např. důlkatce plicního (Lobaria pulmonaria) a mikrolišejníků Cyphelium inquinans, Mycobilimbia epixanthoides a Pertusaria hymenea.
Boubínský prales patří k našim nejvýznamnějším a nejlépe prozkoumaným mykologickým lokalitám, dobře známým i v zahraničí. Několik druhů hub zde má svou jedinou lokalitu v ČR, např. chráněný ucháčovec šumavský (Pseudorhizina sphaerospora), ohňovec rezavohnědý (Phellinus ferrugineofuscus), o. ohraničený (P. nigrolimitatus), pevník brázditý (Laurilia sulcata) a pórnatka kořínkatá (Juhghuhnia fimbriatella). Mezi kriticky ohrožené a zákonem chráněné druhy patří helmovka sazová (Hydropus atramentosus), ohňovec Pouzarův (Phellinus pouzarii), bolinka černohnědá (Camarops tubulina), modralka laponská (Amylocystis lapponica), mozkovka rosolovitá (Ascotremella faginea) a ušíčko jedlové (Pseudoplectania vogesiaca). Byly zaznamenány také vzácné mykorhizní druhy, např. plžatka smrková (Hygrophorus piceae) a ryzec honosný (Lactarius repraesentaneus). Na jedli jsou vázány např. ušíčko černavé (Pseudoplectania vogesiaca) a korálovec jedlový (Hericium flagellum).
Mezi nejvýznamnější floristické nálezy posledních 3 let patří znovunalezení orchideje sklenobýlu bezlistého (Epipogium aphyllum) a v ČR dříve vyhynulé vratičky mnohoklanné (Botrychium multifidum). Po mnoha desetiletích byla nejnověji znovunalezena i další orchidej korálice trojklanná (Corallorhiza trifida).
V chráněném území bylo nalezeno mnoho významných a vzácných druhů bezobratlých, např. někteří kořenonožci (Rhizopoda), žížala Lumbricus baicalensis a půdní hlístice Tylenchus butteus. Dominantními druhy měkkýšů jsou boděnka malinká (Punctum pygmaeum), skelnička zjizvená (Vitrea subrimata), síměnka trojzubá (Carychium tridentatum), sítovka blyštivá (Aegopinella nitens) a kuželík drobný (Euconulus fulvus). Vyskytují se zde také mnohonožky Mastigona mutabilis a Pachypodoiulus eurypus, více než 60 druhů chvostoskoků a chvostnatka Machilis bohemica.
Byly tu nalezeny některé významnější druhy brouků, např. drabčík Mycetoporus splendens, mandelinka Oreina speciosissima a nosatci Otiorhynchus morio, Barypeithes araneiformis a Acalles hypocrita. Dále lze zmínit některé druhy dvoukřídlých, např. kalužnatku Thaumalea bezzii a mrvnatku Crumomyia rohaceki, a blanokřídlých, mezi něž patří poskočilka Aphycus sumavicus, druh, který byl z Boubína a několika dalších lokalit popsán.
Mezi významné zástupce fauny obratlovců patří jeřábek lesní (Bonasa bonasia), který je vázán především na pionýrská stadia vývoje smíšených porostů. Typickou složkou ornitocenóz jsou druhy hnízdící v dutinách stromů. Mezi ně patří především pět druhů šplhavců: žluna šedá (Picus canus), datel černý (Dryocopus martius), strakapoud velký (Dendrocopos major), s. bělohřbetý (D. leucotos) a datlík tříprstý (Picoides tridactylus). Doupných stromů využívají k hnízdění také holub doupňák (Columba oenas) a lejsek malý (Ficedula parva), který je vázán spíše na mladší husté bučiny. V rezervaci se vyskytují také vzácnější druhy sov, jako puštík bělavý (Strix uralensis), sýc rousný (Aegolius funereus) a kulíšek nejmenší (Glaucidium passerinum). Především v zóně klimaxových smrčin na hřbetu Pažení a na vrcholu Boubína hnízdí pravidelně kos horský (Turdus torquatus).
K významným druhům savců v rezervaci patří rejsek horský (Sorex alpinus), rejsec vodní (Neomys fodiens), r. černý (N. anomalus), plšík lískový (Muscardinus avellanarius) a rys ostrovid (Lynx lynx).
|