Obec Nová Polhora leži v urbanizačnom priestore krajských miest Košice a Prešov, na hlavnej sídelnej rozvojovej osi Košice - Prešov. Nachádza sa v severovýchodnej časti Košickej kotliny po ľavej strane rieky Torysy, na rozhraní okresov Košice okolie a Prešov.
Po štátnej ceste susedí s obcou Ploské, okres Košice okolie a južne cca 1500 m s obcou Šarišské Bohdanovce, okres Prešov severne cca 1000 m západne od obce sa nachádza obec Seniakovce, s ktorou však nie je spojenie cestou kvôli tomu, že cez rieku Torysu nie je most, iba lávka na peší prechod. V západnej časti prechádza extravilánom obce diaľnica D1 Košice - Prešov, na ktorú napojenie však v obci Budimír, resp. Lemešany. Vzdialenosť od mesta Košice je 18 km, od mesta Prešov 22 km. Organizačne patrí obec do Košického kraja, okresu Košice okolie.
Kataster obce zaberá výmeru 207 ha, z čoho výmera ornej pôdy činí 160 ha. Priemerná nadmorská výška v katastri je 220 m n.m. Časť katastrálnej hranice zo západnej strany sa dotýka rieky Torysy, severná časť katastra sa dotýka potoka Balka, ktorý sa v katastri vlieva do rieky Torysy.
Historicky je Nová Polhora mladá obec. S jej výstavbou sa začalo v roku 1942, kedy bolo do obce Ploské presídlených 42 rodín po vyhorení obce Pohronská Polhora v okrese Brezno. Títo občania sa do nových obydlí nasťahovali v roku 1943. Ďalších 35 rodín bolo do obce nasťahovaných zo susedných obcí Ploské a Šarišské Bohdanovce v roku 1944. Názov získala obec na základe toho, že väčšina novousadlíkov pochádzala z Pohronskej Polhory. Organizačne sa obec Nová Polhora odčlenila od obce Ploské v roku 1953.