Johannes var en spansk karmelittmunk og han ble erklært helgen og kirkelærer i Den katolske kirke.
Johannes ble født i landsbyen Fontiveros mellom Salamanca og Ávila i dagens region Castilla y León. Hans forelde var Gonzalo de Yepes og Catalina Alvarez, og Johannes var den yngste av tre sønner. Faren tilhørte en adelige familie fra Toledo, men var blitt utstøtt da han giftet seg med Catalina, som var en vevers datter. Han begynte derfor å arbeide som silkevever. Muligens var faren av jødisk opphav, men dette er uklart.
Faren døde før Johannes hadde fylt ett år, etter langvarig sykdom. Moren måtte derfor finne arbeid, og de flyttet til forskjellige landsbyer i Castilla, og endte til slutt i Medina del Campo. Det var meningen at han skulle følge i sin fars fotspor som silkevever, men han egnet seg dårlig for håndverk. Hans intellektuelle evner gjorde at han ble sendt på katekismeskole. Som 17-åring ble han sykepleier på byens pestsykehus, samtidig som han studerte filosofi, latin og gresk på jesuittenes seminar. Han ble lagt merke til ved hans medmenneskelige holdning over for pasientene, hans villighet til å ta de mest ubehagelige oppgavene samt hans evne til å underholde og muntre pasientene. Han hadde allerede på dette tidspunkt begynt å leve et strengt asketisk liv, og tok ikke hensyn til sin egen helbred. Han ble gjennom bønn sikker på at han skulle tre inn i en orden, som han skulle hjelpe tilbake til sin gamle perfeksjon; dette var i en periode hvor flere ordener gjennomgikk reformer etter at disiplinen hadde sklidd ut i senmiddelalderen.