Les origines de Cuiseaux sont vraisemblablement très anciennes.
On relève à 2 km au nord du Bourg le site préhistorique de la Balme, dont les fouilles ont révélé une production de silex taillés qui atteste de la prèsence de l’homme au paléolithique supérieur.
Il faut attendre 1107 pour trouver l’existence de Cuiseaux dans des écrits. Les Sires de Cuisel appartenaient à une famille puissante, sans doute issue de la Maison comtale de Bourgogne.
En 1477, après la mort de Charles le Téméraire, le Sire de Craon, lieutenant de Louis XI, fait de Cuisel un « monceau de cendres ».
La reconstruction de la cité fut ralentie par une série de catastrophe : incendies, peste et pillages successifs lors des guerres de religion.
Résistante pendant la 2 ème guerre mondiale, théâtre des premiers parachutages en Saône-et-Loire, Cuiseaux a vu en 2011 l’amènagement de « sites souvenirs », matérialisés par des totems.
La ville vit son essor s’affirmer grâce à la montée en puissance de l’usine « Morey », unité agro-alimentaire, renommée jusqu’en 1986.
Entre Bresse et Revermont, frontière entre pays d’Oil et pays d’Oc, la vieille cité médiévale a su conserver une partie de son patrimoine architectural, ce qui lui vau d’être inscrite à l’inventaire des Sites Pittoresques.