Bereits 1583 wurde innerhalb des Juliusspitales eine Abteilung zur stationären Behandlung psychisch Kranker eröffnet, 1833 erfolgte dort die Gründung der ersten psychiatrischen Klinik in Würzburg. In der Folge wurde 1863 der erste Lehrstuhl für Psychiatrie eingerichtet.
Nach Verlegung der Psychiatrischen Klinik in die Füchsleinstrasse wurde das Gelände von 1939-1945 als Aussenstelle des KZ Flossenbürg genutzt. Die bis zu 58 Häftlinge wurden meist zu Arbeiten innerhalb des Geländes der Nervenklinik herangezogen. Auch war hier ein Lazarett der SS angegliedert. Leiter dieses Lazaretts war Werner Heyde, der in führender Funktion an den nationalsozialistischen Krankenmorden und der "Aktion T4" beteiligt war. Vor der Klinik erinnert ein Stolperstein an die Opfer des Nationalsozialismus.
1965 wurde mit dem Neubau der Klinik in ihrer heutigen Form begonnen, in der Zeit bis zur Fertigstellung musste die Patientenbehandlung im Gebäude der alten Universitäts- Augenklinik am Röntgenring erfolgen. 1981 erfolgte die feierliche offizielle Einweihung der Psychiatrischen Klinik in ihrer heutigen Form.
Diese beherbergt heute die Klinik für Psychiatrie, Psychosomatik und Psychotherapie in der 144 stationäre und 51 teilstationäre Betten zur Verfügung stehen, sowie die Klinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie und Psychotherapie mit insgesamt 73 Behandlungsplätzen.
Derzeit wird wieder gebaut: Hinter dem Haupthaus entsteht gerade ein neues Therapiehaus für die Kinder- und Jugendpsychiatrie.