Cet ossuaire est dans le cimetière de l'enclos de l'église Saint-Quentin, place de l'Eglise.
Il a été construit en en 1503 par Matheus Swen. Mais c'est un épisode dramatique de la Guerre des Rustauds qui le rendit tristement célèbre.
Le 16 mai 1525, les paysans en révolte, venant d'Alsace et de Lorraine, se retranchent dans Saverne, alors que 3 à 4 000 d'entre eux se réfugient dans le cimetière et l'église du village de Lupstein, poursuivis par les troupes du Duc Antoine de Lorraine. L'affrontement devient inévitable et inégal. Le village est brûlé, la population massacrée ainsi que les rustauds présents.
Le lendemain, c'est Saverne que les soldats pillent. Ils massacrent tout le monde, sans discernement. Le Duc Antoine ne tient plus ses troupes. Le meneur, Erasme Gerber, est pendu.
Pendant ce temps, à Neuviller, (à l'opposé de Lupstein) où se trouvaient encore d'autres paysans, de nombreuses exactions sont commises par les lansquenets.
On estime que 20 000 personnes furent tuées les 16 et 17 mai 1525.
La légende prétend que l'ossuaire renferme les crânes et ossements des 3 000 paysans tués là.