De beek is eind 19e eeuw gegraven voor de ontwatering en ontginning van het Echterbroek. Later heeft Dominicus van Ophoven hier een grote rol gespeeld. Hij was een pionier, die in het begin van de vorige eeuw, vanaf zijn boerderij Pepinushof, een van de initiatiefnemers was, om dit gebied verder te ontwateren en geschikt te maken voor de landbouw. De Pepinusbeek is door het waterschap Roer en Overmaas in 2003 natuur vriendelijk ingericht.