Das Kloster Eldena war ein Nonnenkloster, gegründet nach den Regeln des heiligen Benedikt. Das Stiftungsjahr lag zwischen 1229 und 1235.
Der Einfluss und die Macht des römisch-katholisch geführten Klosters reichte zu verschiedenen Zeiten bis Perleberg, Lüneburg, Wittenburg, Grevesmühlen und darüber hinaus.
1535 verlangten die Nonnen „sehnsüchtig“ nach einem evangelischen Predicanten, 1537 wurde das Kloster dann reformiert. Der letzte Probst von Eldena, Joachim von Jetze, erbitterter Gegner der Reformation, wurde 1547 abgesetzt, zusammen mit dem Pfarrer Dietrich.
Ab 1558 wurden keine Nonnen mehr in das Kloster aufgenommen und 30 Jahre später wurde es aufgelöst.
Völlig zerstört wurde das Gebäude 1835 beim größten Brand in der Geschichte Eldenas. Auf den noch übrig gebliebenen Mauerresten wurde von 1835 – 1839 die neugotische Johanneskirche (seit 1333 war Johannes des Täufer Schutzpatron des Klosters) errichtet.
