La fondation de Vinneuf remonte très probablement au second siècle, durant « l'âge d'or » de l'empire Romain (96 - 132), alors que les Gaulois faisaient de grands progrès dans l'agriculture, l'industrie et le commerce. Il fut alors nommé « vicus novus » « bourg nouveau », par opposition, peut-être, au village primitif qui aurait existé antérieurement à la conquête romaine, plus près des bords de l'Yonne.
Au Moyen-âge, c'est toujours sous le nom de Vicus novus qu'il est question de Vinneuf dans le Cartulaire Général de l'Yonne en 1153. Au XIIIè siècle, le Cartulaire de la Cour Notre Dame (ancien prieuré fondé en 1225 près de Michery) l'appelle Vinneuf. D'autres documents du XIVè et début du XVè siècle font apparaître Vyneuf ou Vineuf, mais c'est le testament de Mathieu de Challemaison daté du 15 mars 1577 qui nous donne l'orthographe actuelle : Vinneuf.
Ci-dessus une carte dite de « Cassini » du village de Vinneuf, datant de l’époque de Louis XIV.
En 1867, lors du creusement du canal, des vestiges d'habitations sur pilotis furent découverts près de Vinneuf. En 1902, la commune fit ouvrirune carrière, au bord du chemin romain (de Sens). A une profondeur de 0,80m, de nombreux squelettes furent trouvés, tous alignés. Ils appartenaient à des hommes de taille proche de la nôtre. Ils étaient allongés la tête à l'ouest et regardaient le soleil levant. Sur certains, reposait une pierre pesant 60 à 80kg. L'absence de cercueil et le nombre de sépultures prouvent qu'il s'agissait du cimetière d'un village gaulois très important bâti sur les bords de l'Yonne.
Des armes de fer, des objets de parure en bronze accompagnaient un assez grand nombre de squelettes : trois fers de lances, quatre épées de 70cm à deux tranchants, un fourreau de fer, une sorte de chaîne à mailles torses avec bouton-agrafe garnissant une ceinture de cuir destinée à porter les armes, une agrafe de bronze représentant une tête de bélier finement ouvragée, des bracelets, fibules, colliers de bronze.
L'un d'eux portait une partie ornementée qui se plaçait en avant de la poitrine. Le guerrier y attachait une grande importance car c'était un trophée pour son ennemi. Au-dessus de trois des sépultures, on trouva des débris de poteries cuites. Il y avait donc ici une population d'un niveau de civilisation assez avancé et de mœurs guerrières.
Aujourd’hui Vinneuf compte approximativement 1400 habitants et est un village tranquille de l’Yonne, au carrefour de la Bourgogne, de la Champagne et de l’Ile de France. Proche des villes de Sens et de Montereau, il s’étire sur une colline longeant la rivière de l’Yonne et son canal. Son église du XIIIème siècle avec son original dôme galbé se voit de loin. De nombreuses promenades sont faisables (le circuit des croix, le tour des sentiers de la Messe, les multiples petits chemins qui traversent le village…).
Vinneuf dispose d’un espace naturel remarquable avec le plan d’eau des Graviers qui s’étend sur 14 hectares. Ouvert à tous, aménagé pour la détente et le piquenique, il est aussi un lieu pour les sportifs avec son parcours de santé.