Początki osady na terenie dzisiejszego Zakliczyna sięgają bardzo odległych czasów. W dokumencie z roku 1105 kardynała Idziego, legata papieskiego na Polskę - pośród Ujazdu, Pobrzeża i innych miejscowości wymieniana jest miejscowość Dunaiz, która od 1086 roku należała do benedyktynów tynieckich z nadania jej przez księżną Judytę i pod którą to nazwą prawdopodobnie kryje się dzisiejszy Zakliczyn, co próbuje udowodnić znany historyk - Wojciech Kętrzyński. Natomiast według XVII-wiecznego przekazu pierwotną nazwą dzisiejszego Zakliczyna był Goluczyn (Goluczin) i stanowił on wraz ze Zdonią i Ujazdem, Pobrzeżem własność Pakosza z rodu Gierałtów-Ośmiorogów, a po śmierci Pakosza jego żona - Tomisława - nadała te ziemie opatowi tynieckiemu w 1086 i Goluczyn przyjął z czasem nazwę Opatkowic.
Pierwsza pewna wiadomość o Opatkowicach pochodzi z 1215 roku. W tymże roku biskup krakowski Wincenty zwany Kadłubkiem nadał kapitule krakowskiej dziesięciny z 19-stu wsi położonych w okolicy Czchowa i do nich zaliczone są min. Opatkowice. Zwarty obszar tych wsi tworzy jednostkę terytorialną zwaną "opolem", którego czołem był Czchów.
Kolejna wzmianka o Opatkowicach pochodzi z 1326 roku, gdy są one już siedzibą parafii (kościół drewniany ufundowali w XIII wieku Gierałtowie) należącej do benedyktynów tynieckich, a pierwszym plebanem rezydującym tutaj był niejaki Przybysław. Od tamtej pory osada cały czas się żywo rozwijała min. dzięki swemu położeniu na szlaku wiodącym od Tarnowa - Dunajcem - do Sącza, natomiast drugi szlak (większy) biegł z Krakowa przez Bochnię, Czchów, Ciężkowice i Biecz w stronę Jasła i Krosna na Węgry, a targi tygodniowe w Opatkowicach ściągały kupców z Bobowej, Ciężkowic, Tuchowa i Wojnicza, tworząc w ten sposób coraz potężniejszą konkurencję dla Czchowa, którego to mieszkańcy wnieśli skargę do kancelarii królewskiej i w 1518 roku targi w Opatkowicach zniesiono do około 1558 roku. W połowie XV wieku osada posiadała 8 łanów kmiecych,1 zagrodnika z rolą, karczmę, młyn, dwór i folwark należący do opactwa tynieckiego, a własne pola posiadał także pleban. Do parafii należały pierwotnie: Ujazd, Zdonia, Bieśnik, Kończyska, Lusławice, Faściszowa, Słona, Pobrzeże, Pogórze, Roztoka, Wola Stróska, Wróblowice i Janowice.
Z tych ziem kapitule krakowskiej płacono dziesięcinę (w zbożu, konopiach i rybach z czterech stawów), a z Janowic i Wróblowic płacono kościołowi św. Jakuba w Kazimierzu koło Krakowa. Około 1340 parafia Opatkowice liczyła 465 wiernych, co stanowiło 6 osób/km2.
Przywileje dotyczące opactwa tynieckiego jak również jego posiadłości min. Opatkowic potwierdził w Krakowie 6 października 1456 roku Kazimierz III Jagiellończyk. Natomiast na podstawie dokumentu królewskiego z 2 września 1478 roku powstała komisja z kasztelanem i starostą krakowskim - Jakubem z Dębna herbu Odrowąż na czele, która rok później 1 kwietnia przybyła do Opatkowic, by rozstrzygnąć spór benedyktynów ze Spytkiem z Melsztyna, co do granic Opatkowic, Ujazdu, Charzewic i Stróż, a Grodziszkami, Gruszkami i Zawadą ( później zwaną Zawadą Lanckorońską) zakończony dokumentem z 9 października 1480 r.
Nowy etap w dziejach Opatkowic zaczął się w 1557 r., kiedy to Spytek Wawrzyniec Jordan (właściciel Melsztyna i późniejszy kasztelan krakowski - herbu Trąby) odkupił lub wymienił Opatkowice wraz ze Zdonią, Ujazdem, Brzozową i Polichtami od Benedyktynów tynieckich, których wtedy opatem był Wincenty Baranowski i 17 lipca 1557 r. w Wilnie król polski Zygmunt II August zezwolił na erekcję miasta na prawie magdeburskim, położonego u stóp zamku melsztyńskiego, po drugiej stronie Dunajca na gruncie starej wsi Opatkowice, a dwa inne dokumenty królewskie nadały miastu prawo do dwóch jarmarków oraz uwolniły go od ceł i myt na okres 30 lat.