Die erste Station war weitab des Ortszentrums nördlich der Straßenbrücke der Mühlgasse an der Südbahn gelegen, 1841 eröffnet und 1883 nach der Errichtung der Kaltenleutgebener Bahn wieder geschlossen worden. Heutzutage erkennt man das Gebäude an der leuchtenden gelben Farbe. Es steht neben der neu errichteten Park&Ride- Anlage.
Die heutige Haltestelle Perchtoldsdorf an der Südbahn wurde erst nach dem Zweiten Weltkrieg geschaffen.
In den letzten Jahren wurde die Station modernisiert und behindertengerecht adaptiert.