La estación fue inaugurada el día 7 de mayo de 2003, fecha en la cual empezaron a operar en la estación los primeros trenes de alta velocidad. El 11 de junio de 2008, tres días antes del inicio de la Exposición Internacional de Zaragoza, las vías 7 y 8 empezaron a recibir los primeros trenes de Cercanías de la recién creada línea C-1 de Cercanías Zaragoza.
Fue proyectada por los arquitectos Carlos Ferrater y José María Valero, con Félix Arranz y Elena Mateu, que contaron con la colaboración del ingeniero de caminos Juan Calvo y del ingeniero de instalaciones Juan Broseta, de Ingeniería Proyectos Civiles y Tecnológicos SA, de Valencia. Durante la fase de anteproyecto y redacción de proyecto colaboraron entre otros los arquitectos Manuel Bermudo, Gonzalo Urbizu, Jesús Marcuello y Montse Abad. Es una estación con un gran espacio interior de más de seiscientos metros de largo por ciento ochenta de ancho, configurado por tres vestíbulos que organizan las circulaciones de los viajeros a través de una zona de salidas y otra de llegadas y el "tránsfer", a través de un acceso central subterráneo.
Dispone de 18,8 ha repartidos entre los servicios destinados a visitantes en general y los espacios ocupados directamente para funciones de transporte. Sólo para el transporte ferroviario cuenta con cinco andenes con una longitud de 400 m cada uno. En la fachada sur de la estación estaba proyectada la construcción del Museo del Ferrocarril de Aragón, bajo una imponente marquesina en voladizo, pero nunca llegó a construirse y quedó inconclusa. La fachada principal, norte, mira al meandro del río Ebro y al territorio expo 2008 ofreciendo como presencia un enorme arabesco geométrico de trazas rectas.
Uno de los elementos más novedosos de este proyecto es su cubierta, que desde la lejanía ofrece un perfil insólito con sus grandes arcos en diagonal sobre el cuerpo del edificio, una cubierta de tetraedros que captan la luz y su gran dimensión, rememorando una catenaria invertida.
La cubierta principal tiene una superficie de 40.000 m² y está compuesta por una malla triangular a modo de tablero de ajedrez, de triángulos alternos de luz y de sombra, que dotan a la estación de luz natural. En la zona central de andenes la altura del techo llega a ser de 30 metros, en una zona donde no existe ni un solo pilar que sustente las 4 ha de techo plagado de lucernarios dispuestos en forma de malla triangular.
Fuente: Wikipedia.