Spanagers interne skole er underlagt folkeskoleloven. Eleverne undervises i det antal lektioner som Københavns kommune foreskriver. Det betyder også at de fleste elever går sammen med jævnaldrende, da timeantal og sammensætning skal matche alder.
I skolen indgår de i folkeskoleloven anførte fag, dog med enkelte undtagelser. Vi kan fx. ikke tilbyde undervisning i hjemkundsskab.
Vi mener skolen er en vigtig del af institutionen. Det betyder at eleverne hver dag møder i skole til tiden, og er i skolen imens der pågår undervisning. Det betyder at vi ikke accepterer elever på afdelingerne i skoletiden, med mindre de er syge eller af anden lovlig grund
Skolen er inddelt i 5 klasser med 4-5 elever i hver. De 4 klasser med de ældste elever er placeret 2 og 2 i hver sin bygning, men omkring samme skolegård. Den sidste klasse, for de yngste og i visse tilfælde nyeste elever, ligger 100m væk og for sig selv. På den måde prøver vi at skabe ro til disse elever.
Skole/ hjem samarbejde foregår i hovedtræk én gang pr. halve år. Her inviteres forældrene til konsultation på Spanager. Vi sørger for transport, aftensmad og en samtale omkring barnet udbytte af skolen.
På Spanager er der et Børneråd der samtidig fungerer som elevråd. Her kan elever komme med ønsker for skolen.