Es ist unbekannt, wann der Bau der Steinkirche in Filsum begann. Vermutet wird, dass um die Mitte des 13. Jahrhunderts ein Saalbau mit halbrunder Apsis aus Backsteinen auf einer leicht erhöhten Fläche in der Ortsmitte errichtet wurde. Um 1500 baute man einen kleineren Altarraum an und ersetzte um 1650 die Apsis durch einen polygonalen Chor mit schmalen hohen Fenstern. Die Fenster des Kirchenschiffes wurden nachträglich erweitert. Auch die Fenster des Chores wurden verändert.
Die St.-Paulus-Kirche ist eine einschiffige Saalkirche, deren Apsis nicht erhalten ist. Das Gebäude weist eine Länge von 25 Metern auf und ist 7,30 Meter breit. Der Chor ist gewölbt und siebeneckig. Am Westende befindet sich ein Portal mit drei Türen. Über der Haupttür sind mehrere Namen und die Jahreszahl 1787 angebracht. Ein Balken im Chor trägt die Jahreszahl 1597.
Der Altar ist möglicherweise ein nordniederländischer spätgotischer Flügelaltar aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts.Die Kanzel ist aus dem Jahr 1660.