Štinjan se prvi puta spominje u rimsko doba kada je kao Astinianum bio poljoprivredno dobro pulskih Rimljana. Kasnije se selo nazivalo još Astinian i Stiniano, a u vremenima pod Italijom Stignano.
Najranije naseljena mjesta bila su, još i prije Rimljana, na današnjim brežuljcima Kašćuni, Kaštelir i Špeh (Castiun, Castelier i Grosso). Ostaci tih naselja sačuvani su sve do vremena Austrougarske kada su na tim brežuljcima sagrađene vojne utvrde i položaji.
U vrijeme Bizanta, nakon pada rimskog carstva Štinjan je pripadao feudu "S. Apollinare", a potom pulskoj biskupiji. U 13. stoljeću Štinjan zajedno s Pulom i ostalim naseljima u okolini potpada pod Veneciju. Od Rimskog Carstva pa do tada Štinjan naseljava isključivo autohtono "latinsko" stanovništvo koje se slabo miješa s doseljenicima. Početkom 15. st. doseljavalju prve slavenske obitelji koje nastavljaju poljoprivrednu tradiciju. U 16. stoljeću stanovništvo je desetkovano kugom, mjesto je pusto i devastirano, a pred kraj stoljeća na poziv Venecije (1590.) organizirano doseljavaju nove slavenske obitelji koje postaju i ostaju većinske sve do današnjih dana. U drugoj polovini 17. stoljeća (1667.) zabilježeni su upadi turskih vojnika koji su za sobom ostavili pustoš u ionako siromašnom naselju. U 17. stoljeću je izgrađena i crkva posvećena Sv. Margeriti koja je i danas zaštitnica Štinjana. Štinjanska župa postala je samostalna početkom 18. stoljeća.
Nakon Venecije i kratke francuske vlasti početkom 19. stoljeća cijelo područje pada pod bečku vlast. Kada je sredinom 19. stoljeća tadašnja austougarska vlast odlučila Pulu postaviti za glavnu carsku luku s brodogradilištem, Štinjan postaje veliko vojno gradilište. Tada su izgrađene sve i danas vidljive, a poneke i dobro očuvane utvrde. Nažalost graditelji su koristili i građu svojih prethodnika tako da su tada nestali ostaci gotovo svih pretpovijesnih, rimskih i kasnijih utvrda, svetišta, zidina i puteva koji su vodili sjevernom stranom pulske luke i povezivali štinjanska naselja na brežuljcima. Najviše tada uništenih ostataka građevina (zidine, rimska tvornica tkanine, terme, kupališta, svetišta) bilo je na morskom potezu Valelunga – Monumenti – Zonki i brežuljcima iznad njih.
Osim vojnih objekata u to vrijeme izgrađeni su i Brijuni kao turistički centar (objekti – dijelovi cijelog kompleksa postoje i na štinjanskom otočiću Jerolim čiji je kamenolom korišten za izgradnju utvrda i lukobrana). Padom Austrougarske pomalo propadaju i utvrde. 1930-ih Talijani grade hidrobazu s pratećim sadržajima (hangari, vojarne...) koja je koncem 2. svjetskog rata srušena a potom i desetljećima devastirana. Ostaci su vidljivi kao ruševine obale, objekata, tračnica, sustava za izvlačenje hidroaviona, popločani podovi hangara i rezervni objekti na otoku Kozada.
Nakon Drugog svjetskog rata Italiju na ovim područjima zamjenjuje Jugoslavija koja razvija strateški važnu pulsku vojnu luku i stavlja zaštitu Brijuna pod nadzor JNA. U sjevernom dijelu pulske luke kojima se nije smjelo pristupiti izgrađeni su mnogi vojno-pomorski objekti, a na brežuljcima Štinjana vojni osmatrački i topnički položaji.