Le cyprès chauve est un grand arbre pouvant atteindre 30 à 50 mètres de haut pour un diamètre de tronc de 2 mètres. L'arbre vit de 300 à 500 ans.
Le feuillage léger, gracieux et souple est formé de feuilles claires, aplaties et aciculaires, disposées en spirales sur les rameaux mais tordues à leur base, ce qui les fait paraître disposées en deux rangs aplatis. Elles mesurent de 1 à 1,6 cm de long sur 1 à 2 mm de large.
Les cyprès chauves vivant dans les marais se distinguent par la croissance de racines aériennes particulières, les pneumatophores. Ces organes lignifiés, qui peuvent atteindre 1,5 m de haut, émergent du sol ou de l'eau tout autour du tronc. Leur fonction semble être doubles. D'une part ils assurent la fourniture en dioxygène du système racinaire immergé qui risquerait sans cela l'anoxie ; d'autre part ils permettent une meilleure stabilisation et un meilleur ancrage de l'arbre dans le sol très souvent imbibé d'eau.