Der Legende nach erhielt der Weingarten seinen Namen, als die Naumburger beim großen Stadtbrand am 09. Juli 1684 aus der Stadt hierher flüchteten und beim Anblick der brennenden Häuser weinten. Tatsächlich leitet sich der Name wohl von einem ehemaligen Weinberg ab.
Das erste Gotteshaus wurde zwischen 1733 und 1739 als schlichter Holzbau errichtet. Als dieser baufällig geworden war, wurde er durch einen Fachwerkbau ersetzt. Auch diese Fachwerkkapelle wurde so baufällig, dass die Naumburger Einwohner 1911 den Entschluss fassten, sie durch ein Steingebäude zu ersetzen. Dies wurde aber erst nach dem 1. Weltkrieg durch Privatspenden und Mittel der Stadt umgesetzt. Die Grundsteinlegung für die Kapelle in ihrer heutigen Erscheinungsform war 1921.