Le Prieuré rural bénédictin, dont l'église du XIème siècle est classée Monument Historique depuis 1968, appartenait à l'ordre de Cluny et dépendait de l'Abbaye de Mozac.
Bénéfice seigneurial, il jouissait d'une importance certaine dans la région, puisque son titulaire rendait la justice au civil et au criminel.
Ce dynamisme s'est poursuivi au cours des siècles autour de nombreux prieurs appartenant à l'ordre de Cluny. La « première » restauration des bâtiments conventuels est entreprise en 1689 et est à peine terminée un siècle plus tard, quand débute la Révolution Française.
En mars 1791, les biens du Prieurés ont vendus, considérés comme biens nationaux. Ils sont maintenant la propriété de la Ville de Saint-Germain-des-Fossés.
Depuis 1995, Saint-Germain-des-Fossés est membre de la Fédération des Sites Clunisiens.
D'importants travaux de restauration ont été entrepris au cours des dernières années, notamment sur l'église. Avec l'aide de la dynamique association des Amis du Passé, la Ville de Saint-Germain poursuit les travaux de réhabilitation de l'édifice, qui accueille chaque été une saison culturelle très riche. De nouvelles salles d'exposition ont été restaurées avec beaucoup de goût et accueillent régulièrement des expositions de qualité.
Des fouilles archéologiques avaient été entreprises au début des années 80 dans la cour intérieure du Prieuré. Elles avaient permis de découvrir un certain nombre d'objets qui avaient été récupérés par la Direction Régionale des Affaires Culturelles ( drac ). Ces objets ont été installés dans la petite salle du premier étage.
L'église et les bâtiments du Prieuré formaient un ensemble ayant la forme d'un quadrilatère, avec une cour intérieure. C'était la disposition accoutumée des maisons religieuses.
L'église forme la quatrième façade. Elle servait à la fois de chapelle pour le prieur et d'église pour la paroisse. Elle date du XIème siècle sauf la chapelle latérale dont les nervures prismatiques indiquent le XVème siècle et quelques fenêtres qui ont été refaites plus tard.
La façade est dénuée de toutornement. L'intérieur est divisé en 3 nefs qui se terminent toute spar une abside. Il mesure 18 mètres de largeur. En 1698, on y comptait 8 autels; il n'y en a plus que trois aujourd'hui. La voûte de la nef centrale est en plein cintre et d'une grande élévation.Elle est soutenue par de légers piliers de forme carrée flanqués, aux deux faces latérales, de colonnes aux tiers engagées qui supportent les arceaux des travées.
Les voûtes des bas-côtés ne forment qu'un quart de cercle et viennent s'appuyer en arc-boutant sur les murs de la nef centrale. Les chapiteaux du chœur sont ornés d'entrelacs et de feuillages. Le clocher a été en partie démoli pendant la Terreur. C'est dans cette église qu'autrefois était vénérée la statue miraculeuse de la Saint Vierge. Sa Chapelle est formée par l'abside qui termine le bas-côté du Nord. Les bâtiments conventuels qui jouxtent l'église sont en cours de rénovation. Une partie est déjà occupée par une Communauté religieuse : la Communauté des Frères Saint-Jean, redonnant ainsi à ce lieu sa destination d'origine : un Prieuré.