No local onde se ergue a igreja, existia já uma capela cujo orago era S. Miguel, talvez desde o século XIV.
Desta capela há notícia em 1554, altura em que foi ampliada, tendo-lhe sido construída uma capela lateral dedicada a N. Sra. da Conceição por um morgado da Boieira e sua esposa, conforme vem dito nas memórias paroquiais de 1720, referindo a construção daquela capela Estas obras de ampliação deveram-se, decerto, às aspirações dos juncalenses de terem a sua própria paróquia como viria a acontecer em 1560, data da sua fundação tendo-se desmembrado da paróquia de Sta. Maria e S. Pedro de Porto de Mós.
O autor de O Couseiro descreve-a assim: “A igreja tem alpendre, campanário com escada de pedra por fora e nele um sino e uma campanita…”
Em 1755, o terramoto causou alguma destruição o que levou a que, entre 1770 e 1780 a igreja tenha sofrido novas remodelações com a alteração da sua configuração , sendo ampliada de que resultou a que podemos agora admirar. Foi obra de José Rodrigues da Silva e Sousa e seu irmão João, naturais dos Milagres filhos e netos de juncalenses que foram mestres de obras no Santuário dos Milagres, local onde fixaram residência.
Quanto ao templo, a capela batismal existia já na antiga igreja e foi remodelada depois da visita pastoral de 1766. Os azulejos de albarradas são do final do século XVII ou princípio do XVIII e não são do Juncal.
Os trabalhos de escultura são da autoria de João da Silva e a talha dourada, os trabalhos de estuque e os azulejos do seu irmão José. Este fundou aqui a Fábrica do Juncal, em 1770, onde foram fabricados todos os azulejos que revestem o templo.
As paredes laterais e do fundo são revestidas por painéis figurativos que representam cenas do Antigo Testamento, no corpo da igreja, e do Novo Testamento, na Capela-mor.
Os dois altares laterais têm belas imagens de N. Senhora do Rosário e do Sagrado Coração de Jesus mas os painéis de azulejos que lhe ficam contíguos representam N. Senhora do Rosário e S. Domingos de Gusmão, de um lado e a Descida do Espírito Santo sobre os Apóstolos e Maria, do outro.
No teto da igreja, ao centro, impõe-se a pintura do orago da freguesia, S. Miguel.
