V posledných rokoch však prekvapil odbornú verejnosť i veriacich svojim vekom,ktorý si kostolík musel " nútene" priznať, po archeologickom a kunsthistorickom prieskume, ktorý realizovali pracovníci SAV. V doterajších prameňoch sa uvádzalo, že kostolík pochádza z konca 16. storočia. Avšak niektoré prvky dávali tušiť, že stavba je stredoveká. Ústne trdície ho nazývali Husitským kostolíkom, lebo ho vraj mali postaviť Husiti.Avšak z doterajších výskumov sa dá jednoznčne usúdiť, že kostol je stredoveký, s novšou, pristavenou vežou. Hĺbková sondáž ukázala, že súčasné nadzemné murivá stoja na zachovaných spodných murivách, hoci v niektorých úsekoch ich nerešpektujú a stoja priamo na teréne. Výkopové práce odhalili typické gotické operáky, v niektorých prípadoch rozdielne s terajšími. Nedalo sa však zistiť, či bola stavba prerušená, alebo či súčasný kostolík stojí na pôvodnom, ktorý bol zrúcaný. Nadzemný výskum dokázal stredovekú hmotu kostola, dokonca na severnej stene svätyne boli objavené gotické omietky i nábeh gotickej klenby. Niektoré vrstvy omietok, ako aj podlahy, vykazujú stopy po požiaroch. Sondy v podveží zasa jasne zdokumentovali, že pôvodný gotický kostolík bol bez veže, ktorá bola dostavená neskôr a doslova prilepená k pôvodnému priečeliu, s gotickými dverovými zárubňami, ktoré sa dodnes zachovali. Prieskum kostola v Krajnom stavia pred nás otáznik smerom k jeho vzniku. Nateraz je isté, že kostol nevznikol na konci 16. storočia, ako sa myslelo, ale o 150, až 200 rokov skôr, teda ešte pred príchodom Husitov. V súčasnosti je Kostol sv. Micala Archanjela v rekonštrukcii. Po jednoduchom "vybielení", ešte viac vynikli lomené, gotické oblúky okien, i hrebienková renesančná klenba lode. Kostolík tak dostal neopakovateľnú atmosféru, ktorú umocňuje fakt, že nie je elektrifikovaný, takže sa v ňom konajú bohoslužby pri svetle sviečok, alebo plynovej lampy.