Počas svojej existencie mala obec viacero názvov, podľa toho, kto práve v krajine vládol. Od prvej písomnej zmienky v roku 1229, kedy sa volala Such, mala nasledovné názvy:
- Suk (1244, 1258)
- Touthsuk (1268, 1299)
- Zukovec (1428)
- Zlkowcze, resp. Zalkoc
- Zsúk, resp. Zslkocz (1773).
Názov "Zsúk je dodnes názvom obce v maďarčine.
Žlkovce ležia na terase Váhu a Dudváhu a širokej nive. Terasa nad obcou vznikla počas poslednej doby ľadovej a jej tvorba skončila pred 15 tisíc rokmi, v staršej dobe kamennej. Na jej okraji, nad širokou nivou, sa nachádzali praveké sídliská. Zo staršej doby kamennej pochádzajú zvyšky malých ohnísk, ktoré sa našli 5 - 6 metrov hlboko na Vanige. Archeologické nálezy boli vykonané vo viacerých obdobiach - prvýkrát v rokoch 1947-48, potom v roku 1954 pri výstavbe cesty z Trakovíc do Maduníc a naposledy v období rokov 1980-85. Dnešný kataster obce bol osídlený už v neolite, v 5. tisícročí p.n.l. Na okraji terasy od Trakovíc po Pečeňady sa aj na povrchu nachádzali fragmenty nástrojov a nádob. Z tohto obdobia sú známe aj sídlisko nájdené južne od ratkovského kostola a na Vanige. Tieto sídliská boli objavené v období rokov 1980-85.
Na Vanige a priľahlých pozemkoch bolo objavené aj sídlisko lengyelskej kultúry s rozlohou 25-30 ha zo 4. tisícročia p.n.l. Archeologické vykopávky, ktoré viedol Juraj Pavúk, objavili sídlisko lengyelskej kultúry s najväčšou plochou svojho druhu. Zároveň sa zistilo, že to bol nový druh lengyelskej kultúry. Sídlisko bolo po celom obvode ohradené viackrát obnovovaným palisádovým opevnením (kolovou ohradou). Na svoju dobu tu bola extrémna koncentrácia obyvateľstva s veľkými nárokmi na prírodné zdroje. Len na zriadenie osady s 50 domami bolo treba 10-12 tisíc dospelých kmeňov stromov (výmera lesa približne 170 ha), ďalších minimálne 170 ha bolo treba na pestovanie plodín pre uvedené množstvo obyvateľov. Archeologické nálezy z rokov 1947-48 dokázali, že obce Žlkovce a Ratkovce sú bývalé neolitické sídlisko s kultúrou volútovou a moravsko-slovenskou maľovanou kultúrou, eneolitické s kanelovanou keramikou, starobronzové s maďarskou kultúrou, ako i neskoro aténske. Neskôr to bolo rímsko-barbarské pohrebisko a slovanské pohrebisko z čias Veľkomoravskej ríše. Potvrdzujú to dôkazy, ktoré sa nachádzali v Žlkovciach, v chotárnej časti nazvanej Mohyla, a v Ratkovicach v chotárnej časti Nádovky - pod ratkovským cintorínom, ako i na cintoríne a v Hliníku. Nálezy z archeologického prieskumu sú uložené v Slovenskom národnom múzeu v Bratislave a vo Vlastivednom múzeu v Hlohovci.