História kláštora je spätá s rekatolizáciou mesta. V rokoch 1531-1673 bol Prešov v prevažnej miere protestantský. Z neďalekého kláštora v Nižnej Šebastovej (vzniknutého v roku 1634) posielali Františkáni kňazov do Prešova, aby katolíkom, ktorí v meste zostali, konávali bohoslužby.
Pretože katolíci nemali v meste vlastný kostol, konávali sa bohoslužby v súkromných domoch. Františkáni si svojou obetavosťou získali srdcia prešovských katolíkov. Na ich prosby dal Františkánom cisár Ferdinand III. kostol i s kláštornou budovou, pôvodne patriacu karmelitánom, ktorí však v čase reformácie mesto opustili. Bratia však mohli prevziať kostol s kláštorom až v roku 1671, avšak čoskoro boli zasa vyhnaní Thokolyovskými povstalcami, ktorí kostol i kláštor zničili.
Po upokojení politických sporov nábožná grófska rodina Klobusiczkých a barónka Sóssova podporovali obnovu života Františkánskej rehole v Prešove. Začalo sa so stavbou kláštora a od roku 1708 aj kostola, ktorý bol slávnostne posvätený v roku 1737, kaločským arcibiskupom Klobusiczkým. Kláštor patril do Provincie Najsvätejšieho Spasiteľa. Patrónom chrámu je svätý Jozef (19.3.) a slávnosť bola a zostáva obľúbenou jarnou púťou nábožného šarišského ľudu. Kláštor prežil reformy cisára Jozefa II. a nebol zrušený, pretože sa nehodil na zriadenie kasárne.
V rokoch 1801-1852 viedli františkáni gymnázium, ktoré malo dobrú úroveň. Požiare (1692, 1870, 1888) a napokon aj letecké bombardovanie v roku 1944 ťažko poškodili budovy kláštora i kostola a bolo potrebné ich s veľkými obetami rekonštruovať. Posledná veľmi rozsiahla rekonštrukcia kostola sa začala v roku 1984. Dnes je kláštor i kostol na území košickej arcidiecézy opäť dôstojným miestom duchovného života.