Durante el periodo de la Independencia, el Capitán Bernardo O’Higgins establece los “Depósitos Cartográficos” con la idea de mantener los planos y mapas de las ciudades y territorios necesarios para la campaña libertadora, estamento que es la prolongación de los Archivos de la real Audiencia.

Durante el año 1891, el Presidente Jorge Montt Álvarez crea, la Oficina Geográfica, dependiente del Estado Mayor del Ejército -encargada de elaborar la carta militar del país -, la que será la base del futuro Instituto Geográfico Militar; a dos años de su funcionamiento se elaboran los planos de combate del primer período de las campañas de Concón, Placilla, San Francisco, Huara, Pozo Almonte, Zapiga y Pisagua. Estos trabajos y la gran cantidad de materiales que se confecciona hacen necesario establecer un taller especial para la reproducción de planos y cartas topográficas, donde se complementan los aspectos científicos y las artes gráficas. Fruto del gran desarrollo e importancia de su trabajo en 1893 se transforma en la Oficina de Geografía, Cartografía y Topografía, pasando a depender de la Oficina Técnica del Estado Mayor.

El año 1898, la Oficina de Geografía, Cartografía y Topografía cambia nuevamente de nombre por el de Sección Cartográfica. En esta fecha se ensaya por primera vez una triangulación de primer orden, dando inicio a la red Melipilla. Al año siguiente esta sección es nombrada Sección Levantamiento, sin dejar de depender del Estado Mayor.

A partir del año 1900 se entra de lleno en un periodo de intenso trabajo en todas las secciones: triangulación, topografía y cartografía.

En 1902 se lleva a cabo una modificación importante en las características del trabajo topográfico, variando las dimensiones de las primitivas planchetas. Con esta prescripción termina el “Levantamiento Antiguo” y comienza la era del “Levantamiento Regular”, que tiene como cualidad el de apoyarse directa o indirectamente en las triangulaciones de primer orden. Este año marca el inicio del levantamiento regular de la carta del país a escala 1:25.000. La primera carta, la hoja “San Manuel” es elaborada bajo la dirección del Capitán Arturo Oyarzún. Esta carta constituye el primer trabajo topográfico realizado por el Servicio Geográfico del Ejército.

En agosto de 1903, por Decreto Supremo firmado por el Presidente de la República Germán Riesco Errázuriz y el Ministro Ricardo Matte Pérez, se crea la Oficina de la “Carta de la República”, que tiene dos subsecciones: la geodésica y la topográfica; la primera encargada del levantamiento del territorio nacional, la segunda de la publicación y reproducción de los trabajos ejecutados por este organismo. Un decreto de fecha 25 de noviembre de 1905, firmado por el Presidente Riesco, fija una nueva denominación a las secciones del Estado Mayor General del Ejército, entre ella figura una de “Levantamiento de la Carta General de País”.

Un nuevo decreto fechado el 12 de mayo de 1906, que aprueba la reorganización del Ejército, al referirse al Estado Mayor General del Ejército dice: “Los trabajos serán ejecutados en los Departamentos Central, de Informaciones, de Transporte y del Levantamiento”, la Sección es entonces elevada a la categoría de Departamento. El General Arístides Pinto Concha, a la sazón Jefe del Estado Mayor General del Ejército, divide este “Departamento de Levantamiento” en tres secciones: - Trigonométrica – Topográfica – Cartográfica.

Con el inicio del siglo XX comienza un nuevo periodo en el levantamiento de la carta. La adquisición de moderno instrumental geodésico y topográfico permite mayor precisión a los levantamientos y trabajos de triangulación.

El notable crecimiento y la trascendencia alcanzado por la cartografía y los trabajos de levantamientos realizados por la Sección Cartográfica, requirieron la formación de un organismo autónomo que se abocara a tales estudios. La importancia de esta Sección fue debidamente reconocida por la superioridad militar y el gobierno de Arturo Alessandri Palma. Por esta razón se adopta la determinación de crear el Instituto Geográfico Militar, mediante el Decreto Nº 1.664 de 29 de agosto de 1922.

Esta nueva repartición se crea sobre las bases del entonces Departamento de Levantamiento del Estado Mayor General del Ejército y de sus tres secciones: trigonométrica, cartográfica y topográfica, siendo el primer jefe del Instituto Geográfico Militar, el Coronel Carlos Harms Espejo. En septiembre de ese año, por Decreto Supremo Nº 1.806, es nombrado Director el General de Brigada, Juan Emilio Ortiz Vega. En el año de 1925, siendo el Director del IGM y al mismo tiempo Ministro de Guerra, el General Ortiz modifica la organización dividiéndola en tres Departamentos: - Geodésico – Topográfico – Cartográfico.

El 30 de julio de 1930, se dicta el DFL. Nº 2.090 conocido como Ley de la Carta, donde se fijan las obligaciones y atribuciones del Instituto Geográfico Militar, y se le confiere la responsabilidad de constituirse, con el carácter de permanente, en “la autoridad oficial, en representación del Estado, en todo lo que se refiere a la geografía, levantamiento y elaboración de cartas del territorio nacional”.